В зависимости от поставленных перед селекционером задач отбор ведется по отдельным, нескольким или многим признакам.
Односторонний отбор по одному какому-либо признаку без учета связи его с другими особенностями растения может иметь отрицательные последствия, если в результате его нарушается физиологическая слаженность процессов, влияющих в целом на формирование продуктивности и урожайности. Например, отбор на увеличение крупности зерна, если он одновременно не сопровождается отбором на лучшее развитие корневой системы, может быть безрезультатным. Повышение крупности зерна у отбираемых форм в этом случае приведет, как правило, к снижению озерненности колоса. Односторонний отбор на скороспелость в некоторых климатических условиях может сопровождаться снижением продуктивности растений, а отбор на увеличение массы корня у сахарной свеклы — уменьшением содержания сахара и т. д. Поэтому селекцию следует вести не по одному признаку или свойству, а комплексно.
Главные показатели, на которые необходимо обращать внимание при отборе, — урожайность (продуктивность), устойчивость к неблагоприятным условиям возделывания (засуха, низкая температура и др.), высокое качество продукции, устойчивость к болезням и сельскохозяйственным вредителям, пригодность к механизированному возделыванию.
В практической селекции применяют два метода отбора: массовый и индивидуальный. В зависимости от поставленных задач, культуры, биологии цветения, характера исходного материала и других условий каждый из этих методов имеет ряд вариантов.