В названиях грибов, как и в названиях других организмов, используется бинарная номенклатура, предложенная К. Линнеем.
Основной единицей в систематике является вид. Каждый вид имеет научное название, состоящее из двух слов, обозначающих родовую принадлежность и видовой эпитет. Кроме того, нередко существуют народные названия, которых у организма может быть множество, что часто приводит к путанице. Например, Leccinum scabrum (Bull.: Fr.) S. F. Gray (первое слово — род, а все вместе — вид) — обабок обыкновенный. По-русски этот гриб называется березовик, подберезовик, обабок. После
названия вида следуют сокращенные фамилии авторов. В скобках указан автор, который впервые обнародовал видовое название гриба. За скобками приводится автор, который произвел изменения и предложил данную комбинацию видового и родового названия. Существует Международный кодекс ботанической номенклатуры (МКБН), в котором детально разработаны правила наименования растений и грибов.
Таксоны выше рода имеют названия с унифицированным окончанием, по которым можно определить принадлежность вида к тому или иному таксономическому рангу.
Кроме перечисленных основных таксономических рангов (вид, род, семейство, порядок, класс, отдел, царство), в сложных системах используются такие категории, как подцарство, подотдел, подкласс, подпорядок, подсемейство, подрод. У вида могут быть разновидности (Varietas), формы (Forma).
При необходимости царства объединяют в надцарства (империи), отделы — в надотделы, классы — в надклассы и т. д.