Эйри указывал, что обмолот, очистка и калибровка семян кукурузы необходимы для выпуска в продажу выравненного, высококачественного продукта, имеющего удовлетворительный внешний вид и пригодного для высева любой машиной, имеющейся в хозяйстве фермера-покупателя.
Он утверждал, что только примерно 65—75% семян, поступающих с полей на заводы, имеют товарные размеры. Потери в результате сортировки, обработки, осыпания и сушки составляют около 15% исходного урожая. Отношение количества откалиброванных семян к количеству обмолоченного зерна составляет от 78 до 88% зерна. По оценке Эйри, обычные потери в результате очистки и калибровки составляют: отходы от воздушной очистки 1%; кормовые отходы 4%; удаленные короткие зерна 9% и отходы от сортировки по удельному весу семян 3%. Эти цифры варьируют в зависимости от гибрида, района выращивания и погодных условий года.
Кукурузные молотилки различаются по размерам от небольших ручных молотилок с производительностью менее 50 кг/ч до крупных моторизованных молотилок с производительностью до 100 ц/ч и выше. Ручные молотилки наиболее пригодны для обмолота мелких партий или семян инбредных линий.
Мощные молотилки нужны на заводах, где требуется высокая производительность. Они требуют от 7 до 10 л. с. и работают от газовых или нефтяных двигателей, тракторов или электродвигателей. Эти молотилки отличаются очень прочной конструкцией и при надлежащем уходе могут эффективно работать долгое время.
Большую часть кукурузных семян обмолачивают машинами. Барабанная молотилка удобна и высокопроизводительна. При обмолоте необходимо стараться избегать повреждения семян. Поэтому в некоторые молотилки были внесены модификации в форме специальных резиновых покрышек на барабан. При обмолоте семян эти молотилки работают обычно на более низких скоростях вращения барабана, чем при обмолоте товарного зерна (300—500 об/мин). Обмолот следует проводить при 12—14%-ной влажности семян. Молотилки могут быть причиной снижения всхожести при холодном проращивании семян.
Мощные молотилки следует размещать около сушильных бункеров у наружной стены рабочего помещения, чтобы стержни початков, мякину и пыль можно было выводить за пределы завода. Початки могут поступать в них на ленточном транспортере непосредственно из сушильных бункеров или с приемного пункта, если зерно поступило в сухом виде. Эффективным способом подачи початков служит пластинчатый транспортер с лентой шириной от 38 до 46 см и с поперечными перекладинами через каждые 46 см. Обмолоченное зерно можно поднять в бункер, который подает его, в ветро-решетный семеочиститель. Для современных сеялок нет надобности калибровать плоские семена на группы по специальным размерам.