Основная цель инбридинга — получение чистых селекционных линий с хорошей комбинационной способностью.
Эти линии скрещивают для получения гибридов кукурузы, которые в производстве могут оказаться хорошими или плохими. Когда найдена желаемая гибридная комбинация, семена гибридов можно получать из года в год без генетического изменения путем использования одних и тех же чистых селекционных инбредных линий в качестве родительских форм. Наблюдающаяся у растений чистых линий высокая степень однородности обычно отмечается и у гибридов двух таких линий. Все гибридные растения имеют одинаковое генетическое строение. Если родители вносят желаемые гены высокой урожайности, каждое растение будет обладать одинаковой способностью к высокой урожайности. Если же они несут мало генов мощности и урожайности, каждое растение будет иметь низкую мощность и урожайность.
Инбридинг приводит к проявлению генов и позволяет элиминировать вредные или неблагоприятные рецессивные признаки, такие, как белые или желтые проростки, образующиеся в результате расхода накопленного в семени питательного материала, бесплодность, карликовость, полосатость растений и множество не столь резких дефектов.
Нейфер, Джонс и Зубер приготовили прекрасно иллюстрированную публикацию мутантов кукурузы. Родс и Мак-Клинток сообщали о 350—400 генетических признаках у кукурузы. Многие из этих генов связаны с рецессивными дефектами. В естественных условиях эти признаки подавляются постоянным перекрестным опылением кукурузы. Когда в результате самоопыления эти нежелаемые признаки проявляются, обладающие ими линии выбраковывают, а для дальнейшей работы оставляют лишь лучшие линии.
Экспериментальные результаты показывают, что более мощные инбредные линии склонны давать лучшие гибриды, и с точки зрения практического производства их легче поддерживать. С помощью тщательного отбора среди большого числа потомств можно получить действительно мощные линии с урожайностью от 50 до 75% урожайности родительского сорта,