Засушенные растения очень гигроскопичны и от сырости быстро портятся.
Гербарные образцы следует хранить в сухом помещении, располагая папки в плотно закрывающиеся шкафы. Подбор гербарных листов в папках может быть тематическим (гербарий культурных растений, гербарий сорных растений и т. п.) или систематическим. Систематический гербарий семейств размещают в алфавитном порядке или в соответствии с какой-либо из принятых таксономических систем.
По мере увеличения коллекции необходимо вести каталог, где отмечать всю информацию о поступающих в Гербарий растениях. Каталог может быть как на бумаге, так и в электронной форме.
Часто гербарии страдают от насекомых. Для борьбы с ними существует много способов: протравливание коллекций различными инсектицидами, глубокое замораживание, нагревание и др. (см. далее). Все они требуют некоторой подготовки и определенных условий.
Важно обращаться с гербарием как с ценным архивом, который должен быть сохранен для будущих поколений. Этикетки и заметки должны оставаться разборчивыми в течение столетий. Чрезвычайно важно обращаться с образцами так, чтобы не вызывать ни их повреждения, ни потери фрагментов образца. Многие образцы невозможно ничем заменить, в особенности если образцы относятся к типовым или историческим коллекциям. В некоторых Гербариях существуют специальные методички, где приводятся правила и инструкции для посетителей и сотрудников по обращению с гербарными коллекциями.