Часто болота возникают при зарастании озер и прирусловых частей медленно текущих рек. Так образовались очень многие болота послеледникового периода.
Ледник, покрывавший когда-то значительную часть территории Советского Союза, после таяния и отступления оставил громадные количества воды, заполнившей пониженные места поверхности и давшей начало многочисленным послеледниковым озерам. Вначале, пока воды этих озер были очень бедны представителями растительного и животного мира, отложения на дне озер состояли из минеральных частиц (песчаных и глинистых), приносимых ветром и водой с окружающих пространств.
Довольно часто воды, стекающие в озера, содержали в растворенном состоянии минеральные соли, в том числе и углекислый кальций, образовавший слой известкового сапропеля или озерного мергеля. Это были первые наслоения под торфяной залежью при заболачивании водоемов.
С потеплением климата в дальнейшем флора и фауна озер значительно увеличилась. Вначале появились простейшие организмы: корненожки, ракообразные, мельчайшие водоросли (диатомовые, зеленые, сине-зеленые и др.). В связи с этим изменился и характер накапливающихся озерных отложений, сапропели обогатились органическими веществами и стали ближе по структуре и химическому составу к современным отложениям озер.
В зависимости от состава минеральной и органической части различают сапропели песчанистые, глинистые, известковые, диатомовые, тонкодетритовые, грубо-детритовые и др. Количество сапропеля, или органического ила, на дне озера увеличивается с каждым годом, и вследствие этого дно озера постепенно повышается.
В озерах с пологими берегами водно-болотные растения надвигаются на озеро с берегов, окаймляя зеркало воды широким зеленым кольцом. Для озер с водой, богатой минеральными солями, акад. В. Н. Сукачев установил ряд растительных поясов, закономерно сменяющихся от берегов к центру озера и связанных главным образом с глубиной водного слоя. В мелководном поясе (до 0,75 м) произрастает довольно разнообразная по видовому составу растительность: осоки, стрелолист, частуха и др. При углублении дна до 1,5 м господствуют тростник, камыш, нередко водяной хвощ и некоторые другие растения. В следующем, более глубоком поясе растут белые кувшинки и желтые кубышки с плавающими на поверхности воды листьями. На глубине 4—5 м, в поясе широколиственных рдестов, к растениям с плавающими листьями присоединяются растения, погруженные в воду полностью, за исключением цветов, поднимающихся на поверхность. Далее, на несколько большей глубине произрастают цветковые растения, полностью погруженные в воду (узколистные рдесты и роголистники), а также водоросли, образующие целые подводные луга. На наибольшей глубине растительность состоит из споровых растений: зеленых, сине-зеленых и диатомовых водорослей. В поясе растений, полностью погруженных в воду, происходит отложение на дно сапропеля, богатого органическим веществом; в поясе широколистных рдестов и белых кувшинок отложения носят уже торфянистый характер (сапропелевый торф).
Так же зарастают и заторфовываются русла рек и ручьев с очень медленным течением. Однако в зависимости от условий среды некоторые растительные пояса по глубине могут выпадать. Зарастанию водоемов особенно благоприятствует обильный приток хорошо минерализованных вод, создающих условия для мощного развития крупнотравной растительности: тростника, камыша и др.
Часто на мелеющих озерах наблюдаются сплавины — островки растительности, иногда примыкающие к минеральному берегу. На озерах с хорошо минерализованными водами сплавины могут возникать следующим образом: отдельные гидрофильные травянистые растения (трифоль, белокрыльник, сабельник) и гипновые мхи образуют на слое сильно разжиженного торфянистого сапропеля тонкий, зыблющийся при давлении ногой растительный ковер. Толщина его по мере накопления отмирающих растительных остатков увеличивается. На образовавшейся более плотной дернине поселяются некоторые виды осок, своей корневой системой еще более связывающих и уплотняющих сплавину. Сначала сплавины образуют небольшие площади, которые по мере дальнейшего обмеления озера разрастаются, соединяются с другими и покрывают всю водную поверхность неустойчивой, колеблющейся под ногами болотной дерниной — зыбуном.
Когда воды мелеющего озера слабо минерализованы, сплавины образуются иначе. Первоначально на разжиженном торфянистом сапропеле появляются небольшие подушки из сфагновых мхов; на них поселяются шейхцерия, осоки и некоторые другие растения, скрепляющие рыхлые подушки сфагновых мхов в более или менее плотную сплавину. В дальнейшем на ней ведущее место занимают сфагновые мхи.
На озерах с высокими или защищенными лесом берегами сплавины начинают нарастать с подветренной стороны (имеется в виду направление господствующих ветров в летний период); противоположная сторона при достаточных размерах озера может иметь значительную открытую водную поверхность, часто с размытыми берегами. Иногда части сплавин отрываются ветром и превращаются в плавающие островки.
После заторфовывания водоема болотообразовательный процесс продолжается. По мере нарастания толщи торфа и изменения условий торфообразования из образовавшегося на месте водоема низинного болота развивается переходное, а из переходного — верховое.