Понятие «микроорганизм» не имеет точного таксономического смысла, так как любой организм микроскопических размеров есть микроорганизм.
Они относятся к различным таксономическим группам низших растений и простейших животных. Низшие растения — это бактерии, миксомицеты, грибы, микроскопические водоросли, простейшие животные — корненожки (амебы, фораминиферы, радиолярии, солнечники), жгутиковые, споровики, инфузории.
Каждый тип низших растений и животных представлен многочисленными видами (Воронов, 1963).
Микроскопические зеленые водоросли представлены одноклеточными и колониальными формами. Колонии имеют шаровидную или нитчатую форму. В колонии все клетки одинаковы. Зеленый цвет обусловлен наличием хлорофилла, незамаскированного другими пигментами; в процессе фотосинтеза почти все зеленые водоросли образуют крахмал. Бесполое размножение водорослей происходит путем деления клеток или с помощью спор подвижных — зооспор и неподвижных — апланоспор. Однако возможен и половой процесс — слияние двух клеток. Различают две группы зеленых водорослей: равножгутиковые, коньюгаты. Зеленые водоросли населяют пресные и морские водоемы, влажные почвы.
Диатомовые водоросли — одноклеточные или колониальные организмы желтого цвета, содержат хлорофилл и желто-бурый пигмент диатомин. Клеточные оболочки представляют собой пектиновую тонкую пленку, одетую кремневым панцирем, состоящим из двух створок, входящих одна в другую. Формы диатомей разнообразны: удлиненные (как Pinnularia), округлые (Cyclotella). Размножаются делением, при котором створки панциря раскрываются и дочерние клетки, получая лишь одну створку, затем наращивают другую, периодически образуются ауксоспоры, или споры роста; содержимое клетки выходит из панциря, быстро растет и одевается новым панцирем. Иногда при образовании спор роста у двух клеток наблюдается половой процесс — их слияние дает общую ауксоспору. Диатомеи широко распространены в пресных и морских водоемах, в верхних горизонтах периодически или постоянно влажных почв, в углублениях и трещинах скальных пород. Окремневшие панцири диатомовых не поддаются гниению и долго сохраняются в почвах и донных отложениях, образуя скопления аморфного кремнезема.
Синезеленые водоросли относят к прокариотам: внутренность их клетки не дифференцирована на протоплазму, ядро и хроматофор. Они содержат пигменты, кроме хлорофилла, фикоциан, фикоэритрин, каротин, сочетание которых дает сине-зеленую, оливково-зеленую окраску. Представлены одноклеточными, многоклеточными, колониальными и нитчатыми формами; последние заключены в слизистые футляры. Размножаются только вегетативным путем: делением клеток или колоний; образуют споры внутри клеток (эндоспоры) или снаружи (экзоспоры). Обитают в широком диапазоне экологических условий: повсеместно в почвах, в пресноводных водоемах и морях. С сцнезелеными водорослями связано «цветение воды», уменьшение содержания в ней кислорода, что приводит к массовой гибели населяющих водоем животных. Развиваются в интервале температур от 70—80° (термальных источников) до 0° (снежников и ледников). Выносят длительное иссушение, жизнеспособны в условиях полупустынь и пустынь. Сине — зеленые и зеленые водоросли весной покрывают поверхность залитых водой почв, такыров. Они способны существовать в водоемах, сильно загрязненных органическими веществами, и относятся к группам а-мезосапробов и полисапробов — организмов, населяющих воды, загрязненные аминокислотами, аминами и содержащими белковый азот. Таким образом, абсолютное преобладание их в составе водорослевой флоры — показатель сильного загрязнения водоема.