Возникновение и распространение зоонозов среди людей связано с существованием очагов этих инфекций на территориях обитания диких животных — природных очагов, и в животноводческих хозяйствах — сельскохозяйственных или антропургических очагов.
Природные очаги зоонозов образовались задолго до появления на земле человека. В добактериологический период истории медицины люди не знали и не могли знать о существовании в природе первоисточников многих инфекционных болезней. Только в 1911—1912 гг. русские ученые Д. К. Заболотный и И. А. Деминский доказали, что источником сражения людей чумой являются сурки и суслики. Тем самым было положено начало выявлению и изучению обширных природных очагов чумы на территории нашей страны.
Разработанное школой Е. Н. Павловского учение о природной очаговости сделало огромный вклад в изучение причин и закономерностей существования природных очагов многих зоонозных болезней в различных географических и климатических зонах Советского Союза, отнесенных к определенным географическим ландшафтам. Из них наиболее изученными являются очаги чумы, туляремии, лейшманиозов, клещевого энцефалита, геморрагических лихорадок, бешенства, лептоспирозов и др.
Носителями и источниками природноочаговых инфекций являются многочисленные виды грызунов, большинство травоядных и хищных животных, многие виды птиц.
Циркуляция возбудителей на территориях природных очагов осуществляется в основном трансмиссивным путем с помощью кровососущих переносчиков — клещей, блох, комаров, мошек, москитов, слепней, мух-жигалок и др. В организме клещей возбудители таких зоонозов, как клещевой энцефалит, туляремия, бруцеллез, многие риккетсиозы, сохраняются годами, могут размножаться и даже передаваться трансовариально потомству.
Передача возбудителей живыми переносчиками является единственным способом распространения среди животных клещевых и комариных энцефалитов, большинства риккетсиозов, чумы, лейшманиоза. Передача возбудителей туляремии, Ку-лихорадки, лептоспирозов происходит, кроме того, через воду, почву, пищевые продукты, зараженные испражнениями и мочой больных животных. Длительное и интенсивное выделение лептоспир больными грызунами с мочой и заражение через инфицированную воду, траву, сено, почву представляют собой специфические пути распространения лептоспирозов. Единственным и своеобразным механизмом распространения бешенства является передача возбудителя через инфицированную слюну при укусе или ослюнении поврежденных участков наружных покровов.
Сельскохозяйственные очаги зоонозов начали формироваться одновременно с приручением человеком диких животных в период первобытнообщинного строя. С развитием животноводства изменились условия жизни одомашненных животных, создавались новые виды и породы животных, приспособленные к потребностям человека. Это повлекло за собой изменение условий паразитирования возбудителей зоонозов, образование новых разновидностей и видов возбудителей, приспособившихся к паразитированию и циркуляции среди сельскохозяйственных животных.
Образовавшиеся в процессе одомашнивания диких животных сельскохозяйственные аптропургические очаги зоонозов приобрели самостоятельное эпизоотологическое и эпидемиологическое значение. Стадное содержание животных улучшило условия циркуляции возбудителей, а ежедневные соприкосновения людей с источниками и факторами передачи инфекций обусловили более частые их заражения.
Между природными и сельскохозяйственными очагами формируется постоянная тесная связь. В зимний период связующим звеном между этими очагами служат спи антропные грызуны, которые с наступлением холодов переселяются из полей на территории населенных пунктов, в животноводческие хозяйства, зернохранилища, фуражные склады. В теплое время года сельскохозяйственные животные заражаются на территориях пастбищ, скотопрогонных трасс, водопоев, расположенных в зонах природных очагов.
Интенсивность эпизоотических процессов в очагах зоонозов резко колеблется в зависимости от времени года (сезона), численности и плотности расселения животных, степени индивидуальных, особенно групповых, контактов (миграции в природных очагах, перегруппировки скота в хозяйствах), обилия и активности переносчиков, условий питания, климатических факторов. Особо важное значение имеют сезонные колебания, так как они происходят ежегодно при любых прочих условиях. Так, затухание эпизоотий вплоть до полного их прекращения наблюдается в зимний период и с возобновление с наступлением весны, что является характерной чертой большинства зоонозных болезней. Эпизоотии прекращаются, но эпизоотический процесс продолжается в скрытой форме: возбудители не исчезают, они существуют в организме носителей и переносчиков, а также во внешней среде в виде дремлющих очагов инфекции.
В животноводческих хозяйствах возникновение и развитие эпизоотий зависят не только от природных и биологических факторов, но и от хозяйственной деятельности человека, от условий содержания животных. Новые очаги эпизоотий зоонозов в животноводческих хозяйствах чаще всего возникают в результате ввода в стадо или отару больных животных и других нарушений ветеринарно-санитарных правил по охране этих хозяйств от заноса инфекции.