Количество, распределение и степень окисления пигментов меланина, гуанидина, каратиноидных веществ обусловливают ту или иную окраску кожи, шерсти, глаз, рогов и копыт.
Есть животные, у которых нет пигментов ни в коже, ни в шерсти (альбиносы — белые с красными глазами).
Окраску шерсти у животных называют мастями. В каждой отрасли животноводства принята своя терминология мастей.
Масти бывают сплошные и пегие (пестрые), когда окрашенные участки шерсти чередуются с белыми. Некоторые пежины (белые участки шерсти) очень характерны, например белоголовость у крупного рогатого скота казахской белоголовой породы, белый пояс за лопатками у беркширских свиней.
Как сплошь окрашенные, так и пегие животные могут иметь и простую и сложную масть. К сложным мастям относятся такие, в образовании которых участвуют шерстинки двух или нескольких цветов. Есть масти с равномерным распределением пигментов по всему телу и с неравномерным. Примером последних может служить масть швицкого скота — бурая с посветлением шерсти вокруг носового зеркала и глаз, внутри ушей, на брюхе, вымени и внутренних сторонах конечностей.
Некоторые масти образуются в результате равномерного смешения окрашенных шерстинок с белыми (чалость, серость, седина), иные масти — путем локализации на одних частях тела шерстинок одной окраски, на других — другой. Например, у гнедых лошадей покровные волосы красно-коричневые, а защитные — челки, гривы, хвоста — черные. Одни масти сохраняются от рождения до смерти животного, другие меняются с возрастом. Серые лошади часто рождаются с черной шерстью и немногими белыми волосками, а к старости обычно седеют так, что все волосы становятся белыми.
Для животных шкуркового направления масть — один из главных признаков их оценки. Достоверной связи масти с такой продуктивностью, как молочность, резвость, не обнаружено.
Некоторые масти и степень пигментации характеризуют в известной степени крепость конституции. Альбиносы, лишенные пигмента, часто биологически неполноценны. Меланосаркомой страдают только серые лошади. Лишь у серых смушковых овец каракульской и сокольской пород при разведении в себе рождается значительное количество «обдымков» — ягнят, погибающих от хронических вздутий. Темная кожа дает преимущество животным при разведении их в условиях жаркого климата: пигмент служит защитным средством против вредного действия ультрафиолетовых лучей.