Определение возбудителей грибных болезней проводят в первую очередь по морфологическим признакам плодовых тел и спор.
Важнейшими признаками спор служат окраска, форма, размер, наличие перегородок и вид прорастания, у плодовых тел — образование перегородки и в отдельных случаях наличие придатков, а также механизм раскрывания.
В соответствии с видом и способом полового размножения фитопатогенные грибы разделены на различные классы. Гойманн выделяет четыре класса и группу несовершенных грибов, в то время как Арке выделяет восемь классов, причем последний класс включает все формы, половое размножение которых еще не выяснено (Fungi imperfecti).
Фитопатогенные грибы в большинстве случаев имеют две формы размножения — половую, которая в первую очередь служит для сохранения вида, и бесполую, при которой недолговечные, образующиеся в большом количестве споры обеспечивают пространственное распространение гриба. В искусственной культуре образуются преимущественно органы бесполого размножения, а плодовые тела, возникающие половым путем, отсутствуют или только закладываются. Они очень редко достигают зрелости, и только при очень большой затрате времени и с помощью специальной методики плодовые тела удается довести до полного развития.
Идентификацию фитопатогенных грибов in vitro проводят преимущественно по бесполым органам размножения — спорангиям с зооспорами, конидиям, пикнидам с пикноспорами, хламидоспорам. Дополнительно можно использовать также особые образования мицелия, такие как конидиеносцы, пряжки, анастомозы, склероции и др. Очень хорошее изображение форм спор, образующихся in vitro, приводит Арке.
Если у грибов, изолированных из больных частей растений, пет спороношения, то его можно в большинстве случаев стимулировать, используя, в частности, определенные питательные субстраты, режим света и температуры, а также высокую относительную влажность воздуха. Ниже описаны отдельные примеры стимуляции спорообразования, в особых случаях следует прибегнуть к специальной литературе.