К общим методам борьбы с инфекционными болезнями принадлежит и карантин растений, или растительный карантин.
Карантин растений в современном представлении — это система государственных мероприятий, направленных на охрану территории страны от завоза и проникновения возбудителей болезней, вредителей и сорняков, отсутствующих в нашей стране или встречающихся, но имеющих ограниченное распространение. В эту систему входят мероприятия, предупреждающие перенос возбудителей болезней из одних районов в другие в пределах нашей страны, а также мероприятия по ликвидации очагов болезней в случае заноса их из-за границы.
Биологической основой карантина является непрерывно протекающий в природе процесс географического распространения организмов, их способность приспосабливаться к новым условиям внешней среды и повышенная паразитическая активность многих возбудителей болезней в новых районах, где они наносят большой вред сельскохозяйственным культурам. Особенно ускоряется процесс географического распространения возбудителей болезней при вмешательстве человека в естественный процесс, что обусловлено развитием торговых отношений между странами, установлением обмена сельскохозяйственными продуктами. А бесконтрольный обмен сельскохозяйственными продуктами неизбежно ведет к обмену возбудителями болезней и вредителями, таким образом, люди сами способствуют проникновению возбудителей болезней в новые страны. Фитопатогенные грибы, бактерии и другие возбудители болезней проникают в новые районы с посевным и посадочным материалом, сельскохозяйственным сырьем и другими путями.
Имеется большое количество примеров, свидетельствующих о широком распространении возбудителей болезней и подтверждающих большой вред вызываемых ими болезней в новых районах. По некоторым американским данным, в США было завезено из других стран больше половины основных болезней и вредителей, которые ежегодно вызывают потери сельскохозяйственной продукции на сумму более миллиарда долларов. Свыше 200 видов грибов и бактерий, ряд нематод и более 100 видов насекомых ведут свое происхождение из других стран. Типичными примерами могут служить: возбудитель рака каштана (Endothia parasitica And. et And.), голландская болезнь ильмовых (Graphium ulmi Schw.), возбудитель рака картофеля (Synchytrium endobioticum Perc.), стеблевой головни пшеницы (Urocystis tritici Liro), ржавчина спаржи (Puccinia asparaqi DC.) и пузырчатая ржавчина веймутовой сосны (Crotiartium ribicola Diet.).
Имеются случаи, когда из Америки в Европу завезены опасные возбудители болезней: фитофтороза картофеля (Phytopthora infestans DB.), американской мучнистой росы крыжовника (Sphaerotheca morsuvae Berk, et Curt.), ложной мучнистой росы винограда (Plasmopara viticola Berl. et de Toni.), ряд ржавчинных грибов и некоторые сорняки.
Существуют еще сотни возбудителей болезней и вредителей, не имеющих повсеместного распространения. Многие из них могут вызвать опустошительные эпифитотии, если они будут завезены и акклиматизируются в тех зонах, где они пока отсутствуют. Поэтому для контроля за передвижением материалов растительного и животного происхождения из одной географической зоны в другую и для предотвращения такого передвижения во всем мире широко используется карантин.