При анализе молока и молочных продуктов выявляют в первую очередь те микроорганизмы, которые влияют на качество их или являются санитарнопоказательными. Основными санитарнопоказательными микроорганизмами являются бактерии группы кишечной палочки; дополнительно характеризуют санитарное состояние, а также стойкость продукции, общее количество бактерий.
Наибольшее влияние на качество молочных продуктов оказывают молочнокислые и протеолитические бактерии, дрожжи, плесени, бактериофаг. Для выявления каждой из этих групп пользуются специальными средами; посевы выращивают при температурах, оптимальных для выявляемых микроорганизмов.