Определение обнаруженных водорослей производится с помощью специальных определителей; в них же описаны особенности приготовления препаратов, специально применяемых при определении некоторых групп водорослей.
В этом отношении работа с почвенными водорослями не отличается от работы с водными формами их. Здесь необходимо только указать, что выявление диатомовых водорослей надо вести на препаратах, приготовляемых из той или иной систематической группе водорослей; кроме того, исключается предварительная фиксация формалином, снимающая флуоресценцию хлорофилла. Некоторые упрощенные варианты прямого счета предложили Мельникова (1962), Ребель (Rebel, 1959), Пандей (Pandey, 1965), но упрощение сопровождается снижением точности.
Вслед за определением числа клеток водорослей можно определить их биомассу, исходя ив средних объемов клеток и принимая удельный вес за единицу, по методу, принятому в гидробиологии для определения биомассы фитопланктона. Конечно, все определения массы, основанные на средних размерах, очень приближенные, как показал Тюрин (1946) в отношении массы микробов в почве, однако пока нет иного пути выяснить массу водорослей, рассеянных среди почвенных частиц и других организмов.