Органические удобрения — это органические вещества растительного и животного происхождения. В них содержатся в относительно небольших количествах все питательные элементы.
Однако поддержание и увеличение почвенного плодородия при сельскохозяйственном производстве возможно только при применении органических и минеральных удобрений. Поэтому значение органических удобрений не снизится даже при полном удовлетворении сельского хозяйства минеральными удобрениями (Минеев, 2004).
Основные виды негативного воздействия органических удобрений на природную среду те же, что и минеральных удобрений: 1) могут быть источниками поступления тяжелых металлов и металлоидов в почвы и растения агроэкосистем; 2) загрязнение грунтовых и поверхностных вод соединениями азота, в меньшей степени фосфора.
Содержание тяжелых металлов и металлоидов в органических удобрениях варьирует в широких пределах. Концентрация каждого из них в наиболее традиционном органическом удобрении — навозе крупного рогатого скота (КРС) — может различаться на несколько порядков. Это зависит от применяемых кормовых минеральных добавок, а также от биогеохимических особенностей среды (биогеохимические провинции с избытком или недостатком различных химических элементов) и ее техногенного загрязнения. Так, концентрация мышьяка в навозе может варьировать от 0,1 — 10 мг/кг (средняя полоса России) до 10—50 мг/кг сухой массы (биогеохимическая провинция и техногенное загрязнение, Кабардино-Балкария).
По обобщенным литературным данным, с навозом в расчете на га почвы (при дозе внесения 50 т/га) может поступать: от 40 до 200 г свинца, от 2 до 100 г кадмия, от 7,5 до 350 г никеля, от 50 до 1000 г меди, от 1400 до 5000 г цинка, от 2000 до 5000 г марганца и от 2000 до 13 500 г стронция. По некоторым данным (Парамонова, 1991), уровни поступления некоторых тяжелых металлов с торфяно-пометным компостом (60 т/га) могут быть еще выше: до 3500 г/га свинца, до 1700 г/га никеля и до 1250 г/га хрома.
Для предотвращения загрязнения агроэкосистем тяжелыми металлами и металлоидами в результате применения органических удобрений необходимо контролировать в них содержание загрязнителей и ограничивать применение удобрений с высокой концентрацией тяжелых металлов.
Загрязнение грунтовых и поверхностных вод соединениями азота в основном происходит при нарушении технологий применения (хранения) навоза, навозной жижи и птичьего помета. Результатом такого загрязнения (в зависимости от его уровня) может быть как эвтрофикация водоема, так и гибель в нем рыбы и некоторых других организмов. В этих же случаях возможно и загрязнение вод патогенными микроорганизмами.
В грунтовых водах, загрязненных животноводческими стоками, поданным С. Р. Крайнова и В. П. Закутана (1993), было обнаружено 180 мг/л NH4+, 40 мг/л NO3—, 80 мг/л NO2—, а также 50 мг/л PO43-.