Ботанический мониторинг — подсистема мониторинга биосферы. Это постоянная служба слежения за состоянием и уровнем антропогенных изменений растительности, прежде всего в местах ее особенно интенсивного хозяйственного использования.
Задача мониторинга состоит в том, чтобы вовремя сигнализировать о всех случаях, когда антропогенные нагрузки на растительные сообщества превышают допустимую норму, когда возникает опасность резкого снижения их продуктивности, создается угроза вымирания редких и ценных видов растений. На основании этой информации соответствующие организации и ведомства, занимающиеся использованием растительности, должны принимать срочные меры по изменению режима эксплуатации растительных ресурсов в данном районе, снижению уровня антропогенных нагрузок.
В основу мониторинга можно положить выявление степени различия между реальным (актуальным) состоянием растительности в том или ином месте и потенциальным или близким к нему растительным покровом, представленным системой охраняемых территорий (включая эталонные участки).
В арсенал средств ботанического мониторинга входят дистанционная индикация и визуальные наблюдения с борта искусственных спутников Земли, самолетов и вертолетов, космические и аэроснимки, наземные визуальные наблюдения, наблюдения на постоянных и временных пробных площадях за растительными сообществами и популяциями редких растений, взятие индикационных ботанических проб (тесты), составление различных геоботанических карт, в том числе прогнозных.