Для начала дадим определение понятию «разложение». Кемпбелл определяет разложение как «распад органического вещества до простых органических соединений».
Таким образом, попавшие в почву растительные остатки сначала распадаются до основных составляющих их органических компонентов под действием внеклеточных ферментов, выделяемых гетеротрофными организмами. Это по большей части бактерии, актиномицеты и грибы, однако в процессе распада участвует также микро-, мезо — и макрофауна. Метаболическая активность бактерий и грибов обусловливает конечную минерализацию значительной части органических веществ до CO2.Среди обитателей почвы наиболее известны дождевые черви, часто играющие важную роль во включении в почву растительных остатков, другие представители почвенной фауны участвуют в измельчении этих остатков, переваривании микробной биомассы и ускорении минерализации органических соединений. Можно представить себе последовательный ряд гетеротрофов — от первичной микрофлоры, атакующей основные компоненты попавших в почву соединений углерода, к вторичной, третичной и т. д. микрофлоре, потребляющей первичную микрофлору и продукты ее метаболизма.
Микробиологическая активность включает сложную совокупность биохимических процессов распада углеводов, жиров и белков. Поскольку все организмы в той или иной степени следуют правилу Вант-Гоффа, они изменяют активность своих процессов приблизительно в 2—2,5 раза при повышении или понижении температуры на 10 °С. Однако сложная система взаимодействий между организмами, разлагающимся субстратом и средой, в которой происходит процесс распада (на почве или в почве), оказывает сильное влияние на кинетику разложения. Для начала рассмотрим наиболее общие процессы, характерные для всех систем, а затем остановимся на специфике влияющих на них факторов, особенно тех, которые типичны для агроэкосистем.