Борьба с болезнями рыб ведется путем их предупреждения или профилактики (от греч. prophylaktikos — предохранительный) и лечения, или терапии (от греч. terapeia — лечение).
Профилактику, или предупреждение заболеваний, осуществляют до возникновения массового заражения и заболевания рыбы.
Терапию, или лечение, проводят при обнаружении заболевания. Любое заболевание легче предупредить, чем вылечить. Поэтому, хотя профилактика и терапия взаимосвязаны и дополняют друг друга, основное место в борьбе с болезнями рыб отводится профилактике. Лечение рыб, обитающих в естественных водоемах (морях, реках, озерах и т. п.), чаще всего невозможно. При выращивании рыбы в искусственных водоемах (прудах, садках, бассейнах и т. д.) можно осуществлять не только профилактику, но и терапию заболеваний.
Для эффективной работы рыбоводного предприятия необходимо уже при проектировании и строительстве его предусмотреть выполнение ряда санитарно-профилактических требований.
Главное внимание уделяется источнику водоснабжения, который должен обеспечивать хозяйство необходимым запасом воды. Качество воды должно отвечать физиологическим потребностям выращиваемой рыбы. Место забора воды не должно находиться рядом с местом сброса сточных вод промышленных и сельскохозяйственных предприятий. Желательно, чтобы источник водоснабжения был свободным от дикой и сорной рыбы. С эпизоотической точки зрения лучшими источниками водоснабжения являются ключи и артезианские скважины. Если вода подается в хозяйство из озера или реки, то на водоподающих каналах следует устанавливать рыбосороуловители с решетками и фильтрами для предотвращения попадания в пруды: сорной рыбы, являющейся переносчиком заболеваний.
Водоснабжение всех прудов и бассейнов должно быть независимым, что предупреждает распространение заболевания из одного водоема в другой, в случае необходимости позволяет изолировать отдельные пруды и проводить необходимые рыбоводно-мелиоративные и санитарно-ветеринарные мероприятия.
В зависимости от категории хозяйства (нерестово-выростные, питомники, полносистемные) оно должно иметь достаточное количество прудов различного назначения. Так как пруды; каждой категории имеют соответствующие глубины, площади и т. д., они должны использоваться только по своему назначению. Каждое хозяйство должно иметь необходимое количество зимних и летних маточных прудов, позволяющих осуществлять селекционно-племенную работу. Необходимым условием является строительство карантинных прудов, позволяющих изолировать подозрительных по заболеванию рыб и тем самым предупреждать распространение заболевания.