Спецификой корней и корневых систем является то, что в естественном состоянии они скрыты от визуальных наблюдений толщей почвы той или иной мощности.
Любые непосредственные исследования требуют предварительного извлечения (препарирования) корней из почвы. При этом в силу плотного контактирования с частицами почвы корни обрываются, в результате чего часть их остается в почве. Будучи извлеченными из почвы, корни растений быстро обезвоживаются и теряют жизнеспособность. Оптимальной влажностью почвенного воздуха, контактирующего с корнями, является относительная влажность более 90 %. Для того чтобы сохранить жизнедеятельность корня, его можно извлечь из почвы только на очень короткое время и только в периоды, когда надземная часть растений находится в покое, т. е. с осени после листопада до весеннего распускания почек. При этом можно исследовать только те морфологические элементы корней, доступ к которым не требует физического разрушения корня. Поэтому очень важные аспекты, такие, например, как весовые характеристики, анатомические данные и многие другие, остаются неизученными. Полное кратковременное извлечение корня из почвы возможно только по отношению к молодым древесным растениям — сеянцам, саженцам. У растений старшего возраста так можно исследовать только незначительную часть корневой системы, которая не всегда дает представление о всей совокупности корней. К тому же полное извлечение из почвы корневой системы взрослых деревьев неизбежно вызывает их гибель. В отличие от надземной части деревьев, корни нельзя исследовать дважды или несколько раз через определенные промежутки времени.
Изучение всей корневой системы взрослого дерева очень трудоемко, поскольку корни деревьев занимают довольно значительное почвенное пространство. Например, корневая система сосны I класса бонитета занимает 240—360 м3 почвы (в зависимости от типа).