Роль гипокотиля и корня различна в формировании круглых и удлиненных запасающих органов редиса; у последних основная часть корнеплода образована главным корнем.
Большая часть мясистого корнеплода редиса занята вторичной ксилемой, в которой преобладает тонкостенная паренхима. Снаружи корнеплоды покрыты тонким слоем слегка отслаивающейся перидермы, за которой следует вторичная кора, состоящая преимущественно из мелких вытянутых в тангентальном направлении тонкостенных клеток; у отдельных сортов в коре встречаются разные по размеру клетки. В корнеплоде у всех редисов зона вторичной коры во много раз меньше ксилемной зоны. Однако при сравнении различных сортов оказалось, что ширина коры по радиусу корнеплода варьирует; заметно шире она у сорта Круглый красный с белым кончиком и тетраплоидного сорта Сибирский 1.
Флоэма располагается островками, вблизи которых можно наблюдать мелкие вместилища дубильных веществ. Клетки с бурым мелкозернистым содержимым (латексом) рассеяны в коре, иногда в ксилемной паренхиме у большинства сортов редиса. Реже встречаются механические элементы с одревесневшими утолщенными стенками, пронизанными канальцами. Небольшое количество мелких округлых крахмальных зерен характерно для коровых клеток корнеплодов.
Кора отделяется от вторичной ксилемы узким (4—6 рядов клеток с хорошо заметным содержимым) камбиальным кольцом, слегка извилистым у ряда сортов редиса. Камбий достаточно активен и образует большое количество новых ксилемных элементов; вблизи него отчетливо видны тонкостенные дифференцирующиеся сосуды вторичной ксилемы. Последняя представлена обильной паренхимой (мелкоклеточной вблизи сосудов, крупноклеточной в лучах) и узкими прерывистыми тяжами сосудов. В центре образованной корнем части корнеплода — диархная первичная ксилема. Примыкающие непосредственно к камбию участки радиальных тяжей сосудов сближены, сосуды в них разные по размеру и располагаются небольшими группами (2—5). Далее в центростремительном направлении число сосудов в группе уменьшается, как правило, до одного. Причем сами группы становятся более дискретными в радиальном направлении.
У некоторых сортов ширина сосудистых тяжей остается такой же, как вблизи камбиального кольца и ниже, примерно до середины ксилемы. Паренхимные клетки, непосредственно примыкающие к сосудам в центральной части корнеплода, иногда очень удлинены и расходятся от сосудов по радиусам. Также в центре корнеплода у всех сортов обычно рассеяна масса меристематических очагов, разных по величине и преимущественно шаровидной формы. Меристематические очаги чаще встречаются около сосудов, но иногда отстоят от них на значительном расстоянии. Особенно меристематически активен центр корнеплода у сорта Ледяная сосулька, а также Сакса 506 (у этого редиса меристематические очаги подступают близко к камбиальному кольцу). У некоторых образцов клетки, окружающие сосуды (обычно в прилегающей к камбию зоне), с одревесневшими стенками. Клетки ксилемной перенхимы содержат мелкие простые крахмальные зерна.
В строении вегетативных органов розеточных растений редиса много сходных признаков. В листе такими признаками являются: анизоцитный тип устьиц, преобладающих на нижней стороне; большая извилистость клеточных стенок нижней эпидермы; групповое расположение устьиц; многочисленные мелкие кристаллы в эпидермальных клетках; густое жесткое опушение; дорсовентральное строение пластинки; рыхлый мезофилл, богатый хлоропластами; текстура черешка, включающая крупные сферокристаллы инулина.
Общими признаками в строении корнеплода являются: преобладание вторичной ксилемы, состоящей главным образом из тонкостенной паренхимы; расположение флоэмы; клетки с латексом в коре и древесине; наличие меристематических очагов. Основные отличия наблюдаются в строении листовой эпидермы. К ним относятся: очертания клеточных стенок и размеры эпидермальных клеток; количество и величина устьиц; наличие крупных водозапасающих клеток в верхней эпидерме; устьица-близнецы.
В строении корнеплода различия между образцами выражаются в неоднородности клеток коры, ширине коры по радиусу, в наличии или отсутствии механических элементов и крахмала в коре и ксилеме, в степени меристематической активности ксилемной паренхимы. По каждому признаку образцы редиса, относящиеся к определенному сортотипу, группируются различно.
Сравнение анатомической структуры листа и корнеплода у различных образцов редьки и редиса в конце вегетации дало возможность выявить внутривидовые сходные и отличительные признаки. Растения редиса и редьки имеют много сходных черт в строении. Прежде всего это проявляется в наличии у них утолщенного мясистого корнеплода, в образовании которого принимают участие гипокотиль и главный корень. Почти вся толщина корнеплода занята вторичной ксилемой, составленной главным образом тонкостенной паренхимой. Сильная паренхиматизация ксилемной части корнеплода обусловлена активной деятельностью камбия, обилием пластических веществ, поступающих из розеточных листьев, и большим количеством меристематических очагов. Все это способствует быстрому разрастанию корнеплода, которое идет параллельно с ростом и формированием ассимиляционного аппарата. Лировидные, жесткоопушенные розеточные листья редьки и редиса имеют более извилистые очертания клеточных стенок и большее число устьиц на нижней эпидерме. Им свойственны также дорсовентральное строение пластинки, рыхлый мезофилл, слабожелобчатый черешок с наиболее продвинутым дискретным типом проводящей системы. Отдельные пучки в черешке погружены в основную паренхиму. Механическая ткань — уголковая колленхима — представлена по периферии черешка и вокруг пучков. Наличие синтетических проводящих групп и крупных сферокристаллов инулина характерно для черешка большинства образцов как редьки, так и редиса.
Несмотря на большое сходство в анатомической структуре листа и корнеплода, у редьки и редиса выявлен ряд качественных и количественных отличий, которые можно отнести к числу определяющих для обособления этих форм. Растения редьки характеризуются более мощными листовой розеткой и корнеплодом. При сравнении эпидермы обнаружилось различие по степени извилистости клеточных стенок нижней эпидермы, которая более отчетливо выражена у большинства образцов редьки. По количеству устьиц заметных различий нет: на верхней эпидерме среднее количество устьиц несколько больше у образцов редьки, а на нижней эпидерме — у образцов редиса. Последние характеризуются крупными устьицами, наличием устьиц-близнецов. Более толстая листовая пластинка, большая протяженность в радиальном направлении палисадной ткани и клеток, составляющих эту ткань, также отличают образцы редиса. В структуре черешка основным отличием является степень утолщения тангентальных стенок эпидермальных клеток, клеточных стенок колленхимы и колленхимоподобной ткани, располагающейся вокруг и внутри проводящих пучков. Эти утолщения наиболее резко выражены в черешках редьки. В листе многих сортов редиса наблюдаются более разнообразные по форме и более обильные (особенно в паренхиме черешка) кристаллы инулина. Крупные водозапасающие клетки и двухклеточные волоски встречаются только в эпидерме листа редиса. Утолщения на полюсах устьиц и на стенках прилегающих к ним эпидермальных клеток более отчетливо выражены также у образцов редиса. В строении корнеплода заметными отличительными признаками являются большая ширина коры по радиусу у образцов редьки, мелкие секреторные клетки во флоэме у редиса. Присутствие крахмальных зерен в паренхиме различно характеризует обе культуры: у редьки — обилие крупных, чаще сложных, крахмальных зерен, тогда как у редиса преобладают мелкие простые, довольно малочисленные крахмальные зерна.