В начальный период развития проростка рост корня опережает рост листьев. Первичный стержневой корень редьки с боковыми ответвлениями покрыт тонкостенной эпидермой.
В центре корня расположена диархная ксилема, чередующаяся с флоэмными группами. Первичная кора, окружающая центральный цилиндр, состоит из нескольких рядов паренхимы, среди которой рассеяны клетки, содержащие латекс.
Вторичное утолщение корня редьки начинается с момента заложения камбия на ранних этапах онтогенеза. В результате активной деятельности камбия происходит увеличение новых главным образом ксилемных элементов. Крупные (чаще округлые) корнеплоды редьки, образованные гипокотилем и верхней частью главного корня, снаружи покрыты перидермой, периферические пробковые участки которой отслаиваются. Обычно перидерма светлая, но у некоторых сортов (Зимняя черная круглая) тонкий слой слущивающейся перидермы почти черный. Далее следует кора, занимающая гораздо меньшую часть всего объема корнеплода, в котором преобладает ксилема. Наиболее широкая кора в корнеплодах у сортов европейского подвида (Зимняя черная круглая, Зимняя белая и Зимняя белая круглая). Другие сорта характеризуются узкой корой, особенно корнеплоды редьки японской (Куруме бандзумари) и европейского сорта летней редьки (Остергрус). Клетки коры обычно выравненные, мелкие округлые или овальные; реже встречаются крупные клетки, одиночно рассеянные в коре. Заметное варьирование размеров паренхимных клеток у сортов Да-цин-пи и Куруме бандзумари.
У всех редек клетки коры заполнены крахмальными зернами: у одних сортов (Хун-син, Зимняя черная круглая, Зимняя белая круглая) они обильны, у других (Да-цин-пи, Куруме бандзумари, Вей-сян) малочислены; количество их увеличивается в клетках вблизи камбиального кольца. Иногда клетки заполнены крахмальными зернами разных размеров. Сами зерна простые, округлые и сложные, распадающиеся на 3—5 простых; нередко простые зерна также распадаются с образованием половинчатых. У большинства сортов крахмальные зерна в коре мельче, чем в ксилеме.
В корнеплоде некоторых сортов (Зимняя черная круглая, Хун-син, Вей-сян) разбросаны крупные механические клетки с утолщенными одревесневшими стенками, пронизанными канальцами, и лишенные содержимого. Они располагаются непосредственно под перидермой одиночно или группами из 2—3 клеток. Аналогичные короткие склереидные клетки отмечены для периферических слоев паренхимы у корнеплодов редьки европейской Эрфуртская (М. И. Гребинская, 1938).
У большинства сортов в коровой зоне встречаются также одиночные клетки с желтовато-бурым мелкозернистым содержимым (латексом). Они иногда разбросаны и в ксилемной паренхиме корнеплода главным образом в его центральной части. Стенки этих клеток тонкие или слегка утолщены, неодревесневшие. Иногда полость таких клеток пересечена тяжами с четковидными утолщениями. Предполагается, что млечный сок (латекс) является одним из вспомогательных резервов питательных материалов (G. S. Paliwal, А. К. Kavathekar, 1971). На широкое распространение во всем семействе крестоцветных в любой части растений секреторных клеток, содержащих коагулирующий фермент мирозин, распределение которого может иметь таксономическую ценность, указывалось в работах Н. А. Буша, 1927; С. R. Metcalfe, L. Chalk, 1950; К. Эсау, 1969. Проводящие элементы флоэмы располагаются группами (островками) и заходят далеко в сторону периферии коры. Отчетливо выраженное кольцо камбия обычно состоит из 5—8 рядов клеток, реже из 9—11.
В ксилеме, следующей за камбиальным кольцом, преобладают широкие паренхимные лучи, разделяющие радиальные прерывистые тяжи сосудов, окруженные мелкоклеточной, со слегка утолщенными стенками паренхимой. Четким расположением клеток, незначительными их размерами, а также гораздо меньшим количеством крахмальных зерен, чаще полным их отсутствием ксилемная паренхима заметно выделяется среди паренхимных лучей. Вблизи камбия сосудистые группы ксилемы располагаются менее прерывистым кольцом, далее в центростремительном направлении расстояние между группами сосудов по кругу увеличивается. То же самое наблюдается и в радиальном направлении. Сосуды в тяжах мелкие, с одревесневшими стенками: непосредственно у камбия молено наблюдать дифференцирующиеся тонкостенные сосуды. Ксилемная паренхима у большинства сортов неодревесневшая, за исключением сортов Хун-син и Зимняя черная круглая, в корнеплодах которых сосуды окружены одревесневшими клетками.
В самом центре поперечного среза корнеплода — диархная первичная ксилема. У всех сортов в ксилеме рассеяны сфероидальные по форме меристематические очаги; частые и крупные очаги с правильным расположением клеток по радиусам преобладают у сортов редьки европейской Зимняя черная круглая и Зимняя белая круглая. Иногда меристематические очаги появляются уже на небольшом расстоянии от камбия, но наиболее многочисленные они ближе к центру корнеплода.
У большинства сортов клетки радиальных лучей забиты крупными крахмальными зернами, сложными (чаще тройчатыми) и простыми. Обилие крахмальных зерен во всех паренхимных тканях по всей длине корнеплода, кроме клеток, окружающих группы сосудов, и камбиальных, наблюдается у сортов Хун-син, Зимняя черная круглая и Зимняя белая круглая. У большинства образцов клетки паренхимной ткани в центральной части корнеплода очень крупные, а клетки, непосредственно примыкающие к сосудам, характеризуются еще и сильной вытянутостью в радиальном направлении.
Все сорта редьки в фазу прикорневой розетки в конце первого года вегетации имеют много общих признаков в анатомическом строении листа и корнеплода: дорсовентральное строение листа, опушение жесткими одноклеточными волосками, рыхлый — мезофилл, пучковую проводящую систему, включающую и синтетические пучки (группы) в средней жилке и черешке, паренхимные крупноклетные обкладки во-круг жилок, сферокристаллы инулина в паренхиме черешка, эпидерму черешка с сильно утолщенными тангентальными стенками и колленхиму как основную механическую ткань, обилие паренхимной запасающей ткани, заполненной крахмалом, во вторичной ксилеме корнеплода, наличие в последней меристематических очагов.
Небольшими качественными отличиями являются: утолщения на полюсах устьиц и клеточных стенок в эпидерме редьки китайской (сорт Вей-сян); механические клетки, рассеянные в коре (Зимняя черная круглая, Вей-сян, Хун-син); одревесневшая паренхима, окружающая сосуды, в корнеплодах (Хун-син). Основные отличия носят количественный характер и проявляются главным образом в строении листа: толщине листовой пластинки, соотношении палисадной и губчатой ткани, количестве устьиц на единицу поверхности, длине замыкающих клеток устьиц. В корнеплодах варьирует ширина коры.
Проявление признаков дифференцируется: одни наблюдаются лишь у образцов определенного подвида, другие — у образцов, относящихся к разным подвидам. Так, наибольшей толщиной листовой пластинки характеризуется редька китайская, наименьшей — европейская. По очертаниям эпидермальных клеток (самые извилистые) выделяется редька японская (Куруме бандзумари). Наиболее резкое различие в очертаниях клеток верхней и нижней эпидерм наблюдается у отдельных образцов во всех подвидах: китайский (Хун-син), японский (Куруме бандзумари) и европейский (Зимняя белая и Остергрус). По сходству очертаний клеток эпидермы близки сорта редьки европейской (Зимняя черная круглая и Зимняя белая круглая). Крупные устьица часто встречаются как у сортов китайского подвида (Хун-син и Да-цин-пи), так и европейского (Остергрус). Аналогично сильные колебания в размерах устьиц даже на одном срезе листа можно наблюдать и у европейских образцов (Остергрус и Зимняя белая), и у китайской редьки (Вей-сян). То же отмечено при сравнении образцов по количеству устьиц на 1 мм2 поверхности листа. Групповое расположение устьиц характерно для сортов всех подвидов: европейский
(Зимняя белая круглая и Оетергруе), китайский (Вей-сян) и японский (Куруме бандзумари). Такое сходство по некоторым анатомическим показателям у образцов редьки, относящихся к разным подвидам, не дает возможности их четко разграничить на эти таксоны по данным признакам.