Плодовое дерево представляет собой единый организм, отдельные органы которого взаимно связаны между собой и находятся в определенной взаимозависимости.
При этом у всех плодовых деревьев умеренных широт наблюдается явно выраженный ритм роста стеблей и корней в длину и толщину (образование годичных слоев). При этом под ростом надо понимать увеличение всей массы растения в процессе его жизнедеятельности.
По данным И. В. Белохонова, И. И. Курындина, Г. К. Карпова и др. (1939) дикорастущие плодовые деревья могут иметь высоту кроны от 3 до 30 м, толщину ствола от 0,5 до 1,0 м. А корни у привитых деревьев могут доходить до 1,5—6 м. Эти данные, безусловно, являются ориентировочными, так как размеры надземной и подземной частей во многом зависят от многих условий.
Исходя из вышеизложенного можно отметить, что плодовые деревья имеют надземную часть, состоящую из ствола, крупных и мелких ветвей, обрастающих и мелких плодовых веток, которые несут на себе листья, цветки и плоды.
Подземная часть — это корневая система со всеми ее разветвлениями. Место перехода ствола в корневую систему называют корневой шейкой. Она бывает настоящей и условной. Настоящую корневую шейку имеют корнесобственные растения, выращенные из семян. Образуется она из подсемядольного колена прорастающего семени.
Условную корневую шейку имеют корнесобственные растения, выращенные из вегетативных органов.
Ствол — наиболее развитая центральная осевая часть дерева «нулевого порядка», от которой отходят ветви первого порядка. Ствол состоит из штамба, центрального проводника (лидера) и ветки (побега) продолжения.
Штамб — часть ствола от корневой шейки (для растений семенного происхождения) и уровня почвы (для растений вегетативного происхождения) до нижней основной ветви первого порядка.
Штамб является связующим звеном между надземной и корневой системами. От его состояния зависят условия освещения нижних ветвей и возможность ухода за почвой под кроной. По приросту площади поперечного сечения (ПППС) штамба определяют потенциальную продуктивность плодовых деревьев. Высота штамба может быть различной в зависимости от происхождения плодового растения и типа насаждений. В условиях Северного Кавказа плодовые деревья обычно выращивают со штамбом высотой 0,4—0,8 м.
Центральный проводник (лидер) — часть ствола от штамба до центрального побега или ветки продолжения. Бывает хорошо или слабо выраженный в зависимости от породы и формирования крон.
На центральном проводнике в определенном порядке размещены основные ветви кроны. По центральному проводнику проходят основные транспортные пути, по которым вода с растворенными в ней элементами минерального питания перемещается в вертикальном направлении от корней к листьям (восходящий ток), а продукты фотосинтеза — от листьев к корням (нисходящий ток). Наличие или отсутствие центрального проводника во многом зависит от формы кроны.
Интенсивность восходящего и нисходящего токов во многом зависит от потребности надземной части и возможности корневой системы. Известно, что для роста организма наибольшее значение имеет то, что этот процесс протекает под определенным контролем и, таким образом, приводит к образованию растений определенной формы и размера. При этом надо учесть, что если рост был одинаковым во всех частях и по всем направлениям, «… организмы — по словам американского ученого Э. В. Синнота (1960) — были бы сферическими…».