Одним из эффективным методов активизации продуктивного слоя является осушение пруда.
Еще в древности практиковали этот способ, когда после коротких или длительных перерывов пруды вновь использовали для возделывания сельскохозяйственных культур. При этом в продуктивный слой добавляли органические вещества. Это способствовало быстрому увеличению рыбопродуктивности после каждого сельскохозяйственного использования.
Сразу после вылова рыбы спущенный пруд нельзя считать осушенным, так как пленка воды, покрывающая дно пруда, в этом случае препятствует доступу кислорода воздуха к частицам почвы. Лишь тогда, когда исчезнет и эта пленка, можно говорить об осушении пруда. Для этого требуются время и благоприятные погодные условия. Время осушения можно сократить, если проложить сеть канав, состоящую из центральной канавы и входящих в нее многочисленных, аналогичных рыбьему скелету, боковых канав, эффективность которых возрастает с увеличением их количества. Так как прежде всего следует осушить продуктивный слой, то бывает достаточно вырыть боковые канавы на глубину 10—12 см. Эффективность большого количества мелких канав выше, чем нескольких глубоких. Конечно, подобная система мелких канав требует больших затрат труда, но в дальнейшем это оправдывается, например, более эффективной дезинфекцией после вспышки заболеваний.
При высыхании на воздухе объем ила уменьшается, что ведет (из-за клейких веществ, находящихся на его поверхности) к появлению трещин, которые углубляются, образуя комки. Кислород воздуха, попадающий только на поверхность комков и в щели, не проникает внутрь комков. Поэтому внутри комки долгое время остаются влажными, и попадание кислорода в них бывает ограниченным. Чтобы избежать этого, необходимо своевременно разрыхлять комья фрезой, бороной или культиватором. После рыхления почва уже через 5—6 дней становится сухой.
Практически рыхление почвы во время сушки можно проводить во всех прудах. В больших прудах борону прицепляют к тягачу на гусеницах. Ежегодное рыхление почвы не везде бывает благоприятным, так как в это время еще более усиливается процесс окисления, в результате которого происходит разложение органических веществ. Поэтому ежегодное рыхление почвы надо проводить лишь там, где имеются достаточные запасы ила, и там, где слой ила небольшой, например в прудах с песчаной почвой. С помощью рыхления также уничтожается нежелательная прудовая растительность.