Для микробиологических анализов пробы отбирают до отбора проб для физикохимических исследований. Пробы отбирают стерильными приспособлениями (щупом, пробником) в стерильную посуду и плотно укупоривают. Мутовку, черпак или пробник для отбора сырого молока стерилизуют или обрабатывают хлорированием (200 мг активного хлора на 1 л воды).
Отбор проб отдельных видов продукции (молока, сливок, кефира, сыра, масла, консервов) производят в соответствии с действующим ГОСТом на методы микробиологического исследования. Микробиологические исследования продукта производят сразу или не позднее 4 ч с момента отбора проб при температуре хранения не выше 6°С.