Все подвиды и разновидности дыни легко скрещиваются между собой и дают плодовитое потомство (Козлова, 1925; Joubert, 1980). Делались попытки отдаленной гибридизации с целью выяснения филогенетических связей, а также обогащения культурных форм ценными признаками (устойчивость к болезням) от дикорастущих видов (Deakin et al., 1971).
Скрещивание дыни с другими видами рода Cucumis показало их несовместимость (Мичурин, 1939; Niemirowicz, 1978), и все попытки получить межвидовые и межродовые гибриды были неудачны: наблюдался аномальный рост пыльцевой трубки (Kishi, Fujianita, 1969). Применение методов культуры зародышей на искусственной среде, опыление изолированных семяпочек, введение суспензий пыльцы в завязь предполагают расширение возможностей получения межвидовых гибридов. Скрещиванием дыни С. metuliferus, обладающей ценными признаками устойчивости к нематоде, вирусной мозаике, тле, мучнистой росе, с дикорастущей мелкоплодной дыней удалось получить гибридное потомство F1 и F2 (Norton, 1980; Fassuliotis, Nelson, 1988), Скрещивание дыни с тыквой не дало положительных результатов даже с применением метода культуры зародышей на искусственной среде (Козлова, 1925; Niemirowicz, Kubicki, 1979).