По отношению к субстрату выделяют следующие экологические группы лишайников: эпилитные, эпифитные, эпигейные, эпиксильные.
Эпилитные поселяются на камнях и скалах. Лишайники, обитающие на бетоне, железе, выделяют в специальную группу — лишайники техногенных субстратов. В основном к ним относятся накипные лишайники, придающие скалам своеобразную окраску. Реже встречаются листоватые формы. Велика их роль в почвообразовательном процессе, так как гифы проникают в трещины между камнями, лишайниковые кислоты растворяют субстрат, что в конечном счете приводит к разрушению камней и началу образования почвы. Эпилитные лишайники отличаются приуроченностью к определенному типу камней в зависимости от их химического состава.
Эпигейные лишайники обитают на почвах. В основном это кустистые формы, заселяющие бедные почвы. Например, ковер лишайников характерен для сосновых лесов (сосняки лишайниковые). Широко распространены кустистые эпигейные лишайники на севере, в тундре и лесотундре, они образуют ягель — корм для оленей.
На почве можно обнаружить накипные лишайники, тоже относящиеся к этой группе. На мхах развиваются листоватые формы (их выделяют в группу эпибриофитных лишайников).
К эпигейным лишайникам причисляют кочующие лишайники, практически не имеющие связи с почвой, типа перекати-поле.
Эпифитные лишайники могут иметь листоватые, накипные, кустистые формы. Они заселяют кору деревьев и кустарников.
Эпиксильные лишайники, обитающие на голой древесине, рассматривают в качестве самостоятельной группы. Это могут быть накипные, листоватые и кустистые формы, большая часть которых может заселять и другие субстраты.