В Магаданской области много озер и болот. Обычно они встречаются вместе. Чаще всего озера и болота расположены по долинам рек и по побережью морей, а также на плоских водоразделах и пологих склонах.
В горах развита сеть моренных озер. Образование их связано с ледниками и скоплением осадков в котловинах гор. Величина и очертания горных озер различны. Чаще они бывают вытянутые, глубокие, с крутыми, часто обрывистыми берегами. Вода в озерах прозрачная и холодная. К группе таких озер можно отнести известное озеро Момонтай (1 052 метра над уровнем моря) и озеро Малык, расположенные на западе области в районе горной системы Черского. Много горных озер на Охотско-Колымском нагорье. Здесь рядом с пиком Абориген на высоте 905 метров над уровнем моря расположено красивейшее озеро Джека Лондона.
Горные озера также встречаются на Колымском, Чукотском и Анюйском нагорьях. На Анюйском нагорье выделяются три крупных озера: Нижний Илирнейгытгын, Верхний Илирнейгытгын со скалистым островом посредине и озеро Тытыль. В центре Чукотского полуострова в заболоченной котловине расположено озеро Иони.
В северо-западной части Анадырского плоскогорья располагается высокогорное озеро Эльгыгытхин (нетающее озеро). Озеро расположено в кратере древнего вулкана и имеет овальную форму. Поперечник 12 километров. Из озера вытекает река Эньмувеем.
На побережье северных морей распространены лагунные озера. Они образовались в результате поднятия берега.
По равнинам около рек встречаются прирусловые озера-старицы. Обычно они небольшие и имеют вытянутую или подковообразную форму. Таких озер много на Анадырской низменности. Вместе с болотами они создают озерно-болотный комплекс.
По долинам рек, особенно по Анадырю, Большому и Малому Анюям, встречается много озер провального (термокарстового) происхождения. Они образовались в результате протаивания и оседания мерзлых грунтов и ископаемых льдов. На Анадырской низменности лежит большое озеро Красное. Длина его 32 километра, ширина 14 километров. Оно соединяется протокой с рекой Анадырь.
Большинство озер в Магаданской области проточные, из них берут начало многие ручьи и реки. Низменные озера часто зарастают и превращаются в трясины.
Озера и болота имеют большое значение в жизни населения области.
Озера используются для водоснабжения промышленных и жилых объектов и для рыбной ловли. Озера и болота служат местом гнездования водоплавающей дичи, а также для водопоя оленьих стад. Болотная растительность является излюбленным кормом оленей.
Торфяные отложения на болотах широко используются для удобрения полей.