Патологоанатомические изменения при гриппе лошадей обнаруживают преимущественно в легких. В бронхах и бронхиолах находят тягучую желтоватую слизь. Некоторые дольки легких окрашены в красноватый цвет вследствие ателектаза.
По данным Г. Гербер (Н. Gerber, 1966) и Др., при гриппе лошадей отмечают диффузную подострую интерстициальную пневмонию, бронхит, перебронхит, периартериит, миокардит, поражение печени (инфильтрационный гепатит) и энцефалит. При гистологическом исследовании обнаруживают набухание эндотелия сосудов, перибронхиальную клеточную пролиферацию, хорошо выраженную у бронхиол. Скопления клеток представлены преимущественно лимфоцитами и макрофагами. В трахее находят гиперемию и клеточную инфильтрацию.
При осложнении гриппа вторичной микрофлорой развиваются изменения, свойственные бронхопневмонии, плевриту и т. д.