Патоморфологические изменения при эндемических болезнях животных разнообразны. В одних случаях наиболее выражены признаки поражений костей (остеомаляция, остеопороз, остеолиз при энзоотической остеодистрофии, марганцевом рахите, флюорозе), в других — поперечно-полосатой мускулатуры (воспалительно-дистрофические процессы в сердце и скелетных мышцах при беломышечной болезни), в третьих — головного мозга (энцефаломаляция, гидроцефалия при энзоотической атаксии ягнят, телят, буйволят).
При цинковой недостаточности обнаруживают паракератоз кожи, при мочекаменной болезни — мочевые камни в почечной лоханке, мочевом пузыре, мочеиспускательном канале, при энзоотическом зобе — специфические изменения щитовидной железы. Нарушения обмена веществ в организме, обусловленные недостатком и (или) избытком макро и (или) микроэлементов в окружающей среде, сопровождаются дистрофией клеточных элементов в печени, сердце, почках, других органах и тканях.