Интенсификация и качественное преобразование техники, технологии, биологической базы сельского хозяйства и смежных отраслей АПК предполагает формирование новой системы управления и методов хозяйствования.
«Решение новых задач в экономике, — подчеркивается в Политическом докладе ЦК КПСС XXVII съезду партии, — невозможно без глубокой перестройки хозяйственного механизма, создания целостной, эффективной и гибкой системы управления, позволяющей полнее реализовать возможности социализма». Эта установка съезда, получившая дальнейшее развитие в материалах январского и июньского (1987 г.) Пленумов ЦК КПСС, в полной мере относится и к АПК.
В соответствии с принятым в ноябре 1985 г. постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР «О дальнейшем совершенствовании управления агропромышленным комплексом» осуществлена коренная перестройка его управления. Основная ее цель — преодоление ведомственности, разобщенности. Создан Госагропром СССР и его органы на последующих структурных уровнях.
Организационно-производственная и управленческая структура в колхозах и совхозах, производственных предприятиях и объединениях подлежит существенной перестройке в связи с введением Закона СССР о государственном предприятии (объединении). Необходимость такой перестройки возникла в связи с предоставлением предприятиям и объединениям широкой хозяйственной самостоятельности, переводом их на полный хозрасчет, самоокупаемость и самофинансирование. Одновременно значительно расширяются права и полномочия внутрихозяйственных подразделений (бригад, ферм и др.), организующих свою деятельность на условиях внутрихозяйственного расчета, коллективного, мелкогруппового, семейного, индивидуального и арендного подряда. Выбор конкретных форм подряда потребует тщательного обоснования, грамотного подхода.
Расширение самостоятельности колхозов и совхозов, других предприятий и организаций АПК, перевод их на самоуправление, самоокупаемость и самофинансирование существенным образом изменяют содержание управленческой деятельности РАПО и других вышестоящих органов управления. Их функции должны заключаться главным образом в том, чтобы обеспечить: во-первых, координацию деятельности взаимодействующих предприятий, организаций по ключевым вопросам экономики, особенно по организации на эквивалентной основе межотраслевых производственно-экономических связей; во-вторых, всемерное содействие подведомственным предприятиям и организациям в решении поставленных перед ними задач; в-третьих, оперативное внедрение в агропромышленное производство достижений НТП; в-четвертых, контроль за исполнением подведомственными предприятиями и организациями директивных указаний и нормативных актов. На выполнение указанных функций непременно должна быть ориентирована структура органов управления АПК на всех уровнях.
Организационно-управленческую перестройку необходимо было дополнить совершенствованием экономического механизма. На это направлено постановление ЦК КПСС и Совета Министров СССР «О дальнейшем совершенствовании экономического механизма хозяйствования в агропромышленном комплексе страны», принятое в 1986 г.
Таким образом, созданы юридические основы перехода к экономическим методам управления АПК, при котором вышестоящие органы воздействуют на колхозы, совхозы и другие предприятия агропромышленного комплекса посредством взаимовыгодных экономических рычагов. Сюда входят система хозрасчета, закупочные цены на сельскохозяйственную продукцию и оптовые цены на средства производства для села, тарифы на услуги, оказываемые сельскому хозяйству обслуживающими организациями, системы кредита и распределения прибыли, оплата труда и материального стимулирования и др.
Главная задача состоит в том, чтобы сделать хозяйственный механизм противозатратным, ресурсосберегающим, полнее сориентировать его на использование интенсивных факторов развития сельского хозяйства и других отраслей агропромышленного комплекса. В достижении этой задачи исключительное значение принадлежит хозяйственному расчету. Это вытекает из его сущности. При подлинном хозрасчете простое и расширенное воспроизводство в колхозах и совхозах, других предприятиях АПК должно осуществляться за счет собственных ресурсов, получаемых от реализации продукции. Результаты деятельности хозрасчетного предприятия сказываются на оплате труда, удовлетворении материальных и культурных потребностей коллектива. Тем самым при хозрасчете обеспечивается экономическая ответственность коллектива за весь процесс воспроизводства и стимулирования по его результатам.