Подготовка животных для перевозок водным транспортом ведется так же, как и по железной дороге. Водным транспортом перевозят обычно большие партии скота. Для этого оборудуют специальные самоходные суда или баржи. В местах погрузки скота (в портах, пристанях) оборудуют причалы, загоны для скота, навесы с запасами кормов, воды, инвентаря, сооружают места для кормления и водопоя животных. Тут же размещают служебные помещения для ветеринарного надзора, оборудование для дезобработки транспортных судов (барж), карантинные помещения (изолятор).
Предварительно перед погрузкой на суда проверяют готовность погрузочных средств (трапы, ограничительные барьеры и сходни, подъемные краны и пр.), а также палубы и оборудование для размещения животных. В случаях перевозки животных на грузопассажирских судах места для животных указывает капитан по согласованию с транспортным ветеринарно-санитарным надзором и представителем Государственной санитарной инспекции. Палуба для погрузки животных должна быть плотной, ровной со стоками для жидкости, иметь деревянный настил. Посыпают ее опилками, песком или застилают соломой, а также огораживают прочным барьером.
При перевозке на специальных судах или баржах скот размещают группами свободно в загонах, перегороженным деревянными решетками. Крупных животных, особенно на грузо-пассажирских судах, привязывают к барьерам (кольцам). Мелких животных (поросят, козлят, кроликов, птиц, кошек и др.) перевозят только в клетках, корзинах, ящиках или другой таре с дном, а агрессивных животных (собак и др.) — в намордниках, на привязи.
Размер площади при перевозке животных на судах на одну голову определяется по следующим средним нормам (в м2): для племенных лошадей —2,5—3; рабочих лошадей —2,0—2,25; быков и крупных коров — 2,25—2,5; коров — 1,8—2,25; телят — 1 —1,5; овец и коз — 0,5—0,75; свиней — 0,5—1,5; подсвинков — 0,3—0,5 м2. Уход за животными, уборка мест размещения и кормление их обеспечивается проводниками. Положено иметь не менее чем одного человека на 20 лошадей или крупного рогатого скота, на 60 овец или на 30 свиней и телят, на 10 клеток с птицей или кроликами. В случаях заболевания или гибели животных в пути об этом ставят в известность транспортный ветнадзор. Больных и трупы павших животных сдают, а накопившийся навоз сбрасывают в определенные места по его указанию. В воду по пути следования трупы павших животных и навоз сбрасывать не разрешается.