Проведение наблюдений и документация при подводных исследованиях имеют свои особенности из-за специфических условий работы.
Человек не может достаточно долгое время находиться под водой при повышенном давлении из-за опасности кессонной болезни. Спуски на глубины свыше 50 м нежелательны вследствие возникновения глубинного опьянения. В случае использования при подводных исследованиях метода «насыщения» необходим барокомплекс с погружной декомпрессионной камерой, базирующейся на судне, либо не менее сложная в техническом и эксплуатационном отношении подводная лаборатория. Кроме этого, специфика поведения человека под водой на глубинах свыше 30 м не дает возможности осмыслить характер исследуемого ландшафта и детально разобраться в нем. Записи на табличках и изображения на палетках дают слишком малую информацию и ко всему прочему требуют значительного времени. Таким образом, обычно применяемые методы сбора информации при подводных исследованиях малоэффективны.
Одним из наиболее универсальных и производительных методов является подводная цветная фотосъемка. В совокупности с традиционными методами исследования шельфа фотосъемка позволяет оперативно получать объективную и полную информацию о фактическом состоянии ландшафта, качественном составе, количестве, размере, форме, окраске и взаимном расположении животных или растений в момент съемки. При этом процесс фоторегистрации не требует нарушения целостности биоценоза, что особенно важно при работах в заповедниках или местах с искусственно созданной экосистемой. Фоторегистрация может проводиться водолазами с последующим изучением изображений дна в лабораторных условиях специалистами-биологами, даже не участвовавшими в подводных исследованиях. Специальные исследования, проведенные на коралловых рифах, показали адекватность результатов, полученных при обычном прямом документировании и обработке цветной фотодокументации.
Ценным свойством и отчасти преимуществом фотографической информации следует признать удобство ее хранения и использования по сравнению с коллекциями. Недостатком способа подводной фоторегистрации являются ограниченные возможности создания непрерывных фотопланов в связи с относительно небольшими дистанциями при фотографировании в воде.
Подводная фотодокументация эффективна при изучении поведения или различных состояний активности донных животных (установка фотоавтоматов возле охраняемых кладок бычковых, ночные съемки коралловых полипов с целью изучения их в активном состоянии); макросъемке живых объектов, изменяющих свое состояние при извлечении их из природной среды (асцидии, морские лилии, актинии и т. д.); площадном фотографировании бентоса или осадка с целью количественного учета; фотографировании жизненных форм животных и растений ориентированными камерами с целью изучения влияния физико-географических условий на их формообразование; фоторегистрации состояний различных индикаторов физико-географических условий у дна или в толще воды (распределение красителя, взвеси, направления и угла наклона прикрепленных водорослей и т. д.); получения дополнительной информации при площадной съемке; заверочном фотографировании пробных площадок с целью контроля за качеством опробования и для получения сведений о топическом взаимодействии отобранных образцов. После обработки фотодокументов иногда выявляются закономерности, упущенные при выполнении работ водолазом. Проведение подводной фотодокументации осложняется специфическими, отличными от наземных, условиями съемки. Существующие руководства по подводной фотосъемке не дают необходимых сведений по проведению научной фотодокументации, пригодной для исследования подводных ландшафтов. Поэтому широкое внедрение в практику подводных работ предлагаемого метода фоторегистрации требует разработки практических рекомендаций на основе анализа специфики среды. Восполнению этого пробела и посвящен настоящий раздел.