В гнезде птиц яйца лежат горизонтально.
Вопрос об изменении положения яиц во время инкубации встал в связи с тем, что в вертикальном положении их проще поворачивать и они занимают меньше места. Следует отметить, что под вертикальным подразумевается положение яйца тупым концом (воздушной камерой) вверх, так как при обратном (острым концом вверх) — развитие эмбриона протекать нормально не может.
По данным Баерли и Олсена, при инкубировании яиц острым концом вверх 60—70% эмбрионов во время вылупления находятся в неправильном положении — головой в острый конец, что почти всегда ведет к гибели эмбрионов. По мнению Ландауэра, это является результатом изменения центра тяжести эмбриона. Эйклешимер обнаружил, что в секционном инкубаторе инкубирование яиц в горизонтальном положении дает значительно более низкую выводимость цыплят (47.3%) по сравнению с вертикальным (85%), а в инкубаторе с искусственной вентиляцией это различие меньше (83% и 88.7% соответственно). Автор объясняет это различие тем, что вертикальное положение, при котором эмбрион лучше соприкасается с воздушной камерой, особенно важно при недостаточной вентиляции, характерной для секционных инкубаторов.
Однако для яиц водоплавающих птиц нет преимущества вертикального положения яиц над горизонтальным — скорее наоборот. Сорока, проведя опыты на 26 000 утиных яиц, показал, что нормальное замыкание аллантоиса в большинстве яиц возможно только при горизонтальном их положении в инкубаторе; в вертикально инкубируемых яйцах в инкубаторах с искусственной вентиляцией больше 50% имеют незамкнутый в остром конце яйца аллантоис. Используя прижизненную окраску белка, автор подтвердил, что в яйцах с незамкнутым аллантоисом задерживается использование белка эмбрионами, они отстают в росте и имеют высокую смертность в конце инкубации. Автору не удалось сократить процент яиц с незамкнутым аллантоисом ни при изменении температуры, ни влажности, ни вентиляции, и только изменение положения яиц с вертикального на горизонтальное уменьшило процент яиц с незамкнутым аллантоисом с 50 до 3—5%. Однако продолжение инкубации яиц после 15-го дня в горизонтальном положении приводило к большему числу наклевов скорлупы в остром конце (22—24%) по сравнению с вертикальным положением (1—2%). Инкубирование утиных яиц до 15-го дня в горизонтальном, а затем до конца инкубации — ц вертикальном положении дало повышение выводимости утят по сравнению с вертикальным в течение всей инкубации на 5—10% и по сравнению с горизонтальным — на 2%. Сходные результаты получили Манш и Розиану. Меньшая выводимость получена при вертикальном положении яиц: 65.8% утят и 45.5% гусят; более высокая — при горизонтальном: 69.2% и 62.5% соответственно. Но наилучшие результаты (72.2% утят) были получены при инкубировании утиных яиц первые 15 дней в горизонтальном положении, затем 10 дней в вертикальном и последние дни — снова в горизонтальном. Вертикальное положение гусиных яиц при инкубации, так же как и утиных, нарушает нормальное развитие аллантоиса, и он не замыкается вокруг находящегося в остром конце яйца белка. Однако, по данным автора, вертикальное положение яиц после замыкания аллантоиса (с 15-го дня инкубации) уже не снижает выводимости гусят. Пытаясь расширить время инкубирования гусиных яиц в вертикальном положении (что более экономично), Владимирова выяснила, что инкубация гусиных яиц в вертикальном положении с 1-го до 7-го дня не влияет на нормальное развитие аллантоиса и не снижает выводимости. Автор рекомендует инкубировать гусиные яйца с 1-го до 7-го и с 15-го дня до конца инкубации в вертикальном положении, а с 8-го по 14-й день — в горизонтальном.
Положение яиц во время инкубирования имеет, кроме того, косвенное значение для теплообмена эмбриона. Хаскин подсчитал, что в зависимости от положения яиц в лотках (горизонтальное или вертикальное) существенно изменяется площадь свободной поверхности теплоизлучения, а именно при горизонтальном 72% поверхности яйца может излучать тепло в окружающий воздух инкубатора, а при вертикальном — только 48%. Следовательно, это должно быть учтено при расчетах теплообмена яиц, особенно в конце инкубации. Возможно, это является одной из основных причин, почему эмпирически подобранное горизонтальное положение яиц во время вылупления (в выводных лотках) оказывается наилучшим.