При обнаружении в сельскохозяйственных, лесных или других угодьях карантинных вредителей, возбудителей болезней растений и сорняков органы Государственной службы карантина РФ должны принимать неотложные меры по локализации и ликвидации выявленных очагов заражения и направлять в административные органы представления о наложении карантина на соответствующую территорию.
Также ставятся в известность областные (краевые), республиканские и местные сельскохозяйственные органы и вышестоящие органы Государственной службы карантина растений РФ. Решения о наложении или снятии карантина по представлениям органов Государственной службы карантина растений РФ принимают органы исполнительной власти субъекта РФ.
Карантин налагается на хозяйства граждан, коллективное хозяйство или населенный пункт; территорию или часть территории предприятия, учреждения или организации; группу населенных пунктов или район, область, край, республику.
После принятия решения о наложении карантина органы Государственной службы карантина растений РФ информируют руководителей предприятий, учреждений, организаций, хозяйств, а также граждан о введении карантинных ограничений и проведении необходимых мероприятий по локализации и ликвидации карантинных вредителей, болезней растений и сорняков; устанавливают постоянный контроль за неуклонным соблюдением карантинных ограничений и мероприятий. Запрещается вывоз без карантинных сертификатов из хозяйств, на которые наложен карантин, семян и посадочного материала, для использования их на посевные и посадочные цели в другие хозяйства, свободные от карантинных вредителей, болезней растений и сорняков.
Карантин снимают после проведения необходимых карантинных мероприятий и полной ликвидации очагов карантинных вредителей, болезней растений и сорняков.
Перевозки с территории одного субъекта РФ на территорию другого импортной подкарантинной продукции, ввезенной в страну на основании импортного карантинного разрешения и в сопровождении фитосанитарного сертификата страны-экспортера, осуществляются после получения в Госинспекции карантина растений карантинного сертификата.