Поверхностное культивирование имеет отрицательные стороны, так как развивающийся мицелий находится в неблагоприятных и неодинаковых условиях.
Воздушный мицелий удален от питательных веществ, но лучше снабжается кислородом, а субстратный мицелий, напротив, находится в анаэробных условиях, но при этом в тесном контакте с питательной средой. Мицелий обычно растет в поверхностной культуре гораздо медленнее, чем в глубинной, однако встречаются грибы, которые плохо растут при глубинном культивировании. Глубинная культура, как правило, более благоприятна для роста мицелия, однако условия повышенной аэрации могут быть менее благоприятны, например, для активности некоторых ферментов. При поверхностном выращивании обычно используют сосуды с наибольшей поверхностью для контакта жидкости с воздухом — колбы Эрленмейера разной емкости, колбу Фернбаха, матрац.
Гриб, развивающий на поверхности жидкости мицелиальную пленку, может развиваться нормально при непрерывном обновлении питательной среды и удалении токсических продуктов обмена веществ, т. е. в проточной среде. Такой метод, предложенный В. Я. Частухиным и М. А. Николаевской, заключается в следующем. Культуру гриба выращивают в плоскодонной колбе. В которой ко дну которой припаяна сливная трубка с двумя отводами. В концы стеклянных трубок надевают резиновые трубки с зажимами. Колба с дистиллированной водой, колба с питательной средой, колба с водой для промывания колбы соединены между собой и с колбой с помощью стеклянных колпачков и резиновых трубок с зажимами. При такой системе выращивания можно многократно менять питательную среду и вносить дополнительную культуру какого-нибудь микроорганизма. Метод основан на принципе периодической смены питательных растворов и промывания мицелиальных пленок с целью удаления продуктов метаболизма С помощью этого метода автору удалось получить полный цикл развития изучаемых грибов — Macrolepiota ргосега, Coprinus radiatus (Bolt.) Fr., Clitocybe nebularis, Armillariella mellea и др.
Нами предложен аппарат для поверхностного выращивания мицелия съедобных грибов в проточной культуре. Процесс выращивания идет непрерывно на скребковом транспортере, помещенном в петлеобразный стеклянный трубопровод. Питательная среда циркулирует в процессе выращивания и непрерывно дозируется. Через загрузочное устройство в трубопровод подается наполнитель. Из входного патрубка непрерывно поступает питательная среда, смешанная с посевной культурой. По специальному патрубку подается свежий воздух, который выводится через патрубок. Сброс питательной среды производится через патрубок. Выросший мицелий вместе с наполнителем выводится через выгрузное приспособление с приводом и приводным механизмом. Передвижение цепей (типа Галля) со скребками, на которые помещен наполнитель, осуществляется с помощью поворотных механизмов и привода.