На практике зоолог-систематик сталкивается с рядом проблем, касающихся материала, с которым приходится работать, объема выборок, которые должны быть представлены в коллекциях, особыми методами препаровки определенных групп животных для их опознавания и т. д.
Систематику постоянно приходится решать, с какими категориями ему предстоит работать: случаи ли это популяционной изменчивости или внутривидовые категории типа географических рас (подвидов), или перед ним виды двойники, относятся ли изучаемые виды к одному и тому же роду и т. п. Постепенно приходит опыт, помогающий правильно оценить изучаемый материал, но основные методы работы остаются неизменными. Это: сбор адекватного материала, с которым впоследствии придется иметь дело; его разборка и определение; составление коллекций; анализ материала, включая количественные и качественные методы, и представление результатов работы в виде описаний новых видов, ревизий, определительных ключей и монографий, посвященных определенной группе животных.
Порядок работы зависит от того, с какой таксономической группой животных работает систематик. Выбор же группы определяется рядом обстоятельств. Опыт показывает, что существует несколько путей выбора. Первый из них диктуется актуальностью изучения именно этой группы, чаще всего имеющей важное практическое значение. Так, проблема малярии заставила тщательно изучить группу комаров рода Anopheles, среди которых есть виды-переносчики ее возбудителя, или иксодовых клещей — переносчиков опасных паразитарных заболеваний. Второй путь связан с необходимостью изучения биологического разнообразия какого-нибудь района, когда по возможности должны быть учтены все группы животных. Однако, как правило, будущий систематик сам выбирает группу для исследования, часто руководствуясь не практическими соображениями, а собственным интересом. В любом случае полезно предварительно оценить доступность получения материала, наличие специальной литературы, возможность получения консультаций специалистов, даже род собственных занятий, позволяющий или не позволяющий заниматься систематическими исследованиями на профессиональном уровне.