Пресноводные экосистемы хорошо изучены, так как они четко разграничены и обычно не содержат большого числа видов.
По сравнению с морем в них входит и меньшее число систематических групп. Так, здесь совершенно отсутствуют иглокожие, а книдарии, ктенарии и губки представлены лишь немногими видами. Зато именно в пресные воды вернулись многие насекомые. Некоторые из них приобрели способность ходить по поверхности воды благодаря воздушным подушкам, служащим в качестве поплавков (такова, например, водомерка Gerris из полужесткокрылых). Эти насекомые образуют особый тип организмов, почти не встречающийся в морских водах, — нейстон. В пресных водах различают две группы формаций — в стоячих (болота, пруды и озера) и текучих водах.
Стоячие воды. Приведенное выше описание озера, послужившее введением в синэкологию, позволяет ограничиться краткими замечаниями. Население озера имеет некоторое сходство с биотическими сообществами морской среды, особенно неритовой провинции.
В прибрежной зоне мало крупных водорослей и большинство составляют цветковые растения водо-сухопутные или чисто водные. Фауна очень богата. Если дно песчаное, в нем обитает так называемая псаммофильная фауна, несколько напоминающая морскую прибрежную фауну. В литторальной зоне больше всего ракообразных, водных насекомых, кольчатых червей и моллюсков. Глубинная зона гораздо меньше, чем в море. Глубина озера редко выходит за пределы эуфотической зоны. Как и в море, имеется планктон, состоящий из одноклеточных водорослей, простейших, ракообразных и коловраток. Бентос беден и состоит из двустворчатых моллюсков, кольчатых червей и личинок насекомых (двукрылых), если глубина невелика. Нектон образуют водные насекомые и рыбы, относящиеся к небольшому числу семейств.
Текучие воды. Источники интересны в том отношении, что они обычно образуют очень постоянную среду с температурой, которая мало изменяется по сезонам. Наряду с водорослями и некоторыми мхами здесь обитают простейшие, клещи, ракообразные, личинки насекомых, планарии и др. Рыбы представлены очень скупо. Состав населения собственно потоков, как уже было отмечено, всецело зависит от скорости движения воды.
Потоки бурны, .их воды холодны, богаты кислородом и бедны растительностью. Быстрота движения вод препятствует развитию планктона. Бентос состоит из прикрепленных (мхи, водоросли) и подвижных форм, часто снабженных приспособлениями для прикрепления (планарии, моллюски, головастики, личинки насекомых и т. п.). Рыбы представлены прекрасными пловцами наподобие форели. Ниже по течению скорость потока замедляется, растительность становится богаче, фауна — более эвритермной и без органов прикрепления. В низовьях рек появляется обильная растительность: в ее составе много цветковых растений; появляется также планктон, напоминающий озерный; на илистом дне живут двустворчатые моллюски, олигохеты и личинки насекомых. Среди рыб уже нет отличных пловцов, число их видов по мере приближения к устью увеличивается и они становятся менее требовательными к содержанию кислорода.
Эстуарии — это области, образующие переход к морю. Как было показано, они отличаются высокой продуктивностью. Соленость в них сильно варьирует, и здесь появляются морские эвригалинные виды (Cardnus moenas, Perinereis cultrifera, рыба-петух, кефаль и др.). К эстуариям приближаются также солоноватые воды лагун. В видовом отношении они не богаты, так как подвержены большим колебаниям солености и температуры, но численность имеющихся видов очень высока.