Всходы гибнут в результате воздействия на них неблагоприятных физических факторов, повреждения или полного уничтожения их животными, конкуренции со взрослыми растениями и механического уничтожения их взрослыми особями (Богдановская-Гиенэф, 1954).
Значимость этих причин различна, их проявление меняется от фитоценоза к фитоценозу, от года к году и от одного вида растений к другому.
Воздействие физических факторов. Из физических факторов наибольшее значение имеют засуха, эрозия, затопление полыми водами и перекрытие наилком. Отмирание всходов в результате засухи отмечено многократно во многих районах с засушливым летом. Они гибнут от недостатка влаги в верхнем слое почвы, где сосредоточены корни, на открытых местах — от перегрева солнечными лучами. По наблюдениям в североамериканских прериях всходы, возникающие в центре пятен, лишенных растительности, отмирают, в то время как по периферии таких пятен они, будучи защищены взрослыми растениями от действия прямых солнечных лучей, могут приживаться. Следовательно, в этих условиях некоторое затенение полезно для всходов.
Воздействие низких температур (поздней осенью, зимой и заморозков в течение вегетационного периода) может быть непосредственным и косвенным. Всходы, а также ювенильные особи большинства луговых растений достаточно устойчивы к низким температурам. По наблюдениям на субальпийских лугах Северного Кавказа ювенильные особ» ветреницы пучковатой без вреда переносили летние заморозки от —5° до —7°. Всходы некоторых трав (пырея ползучего, тысячелистника хрящеватого, щавеля курчавого и домашнего, хлопушки) зимуют с зелеными листьями, в то время как у взрослых особей этих видов зеленые листья зимой отмирают. Большее значение, по-видимому, имеет деформация поверхности почвы, насыщенной влагой, при ее замерзании. По этой причине в некоторых случаях отмирает до 50% всходов. В районах с устойчивым снежным покровом причиной гибели всходов в течение зимы может быть выпревание.
На лугах, расположенных на крутых склонах, всходы могут повреждаться и уничтожаться в результате воздействия эрозии. Массовое отмирание всходов наблюдается в поймах, в местах отложения достаточно мощного глинистого наилка. При высыхании поверхность наилка превращается в плотную корку. Образование корки и ее растрескивание ведут к гибели проросших семян, находившихся в толще наилка, в результате повреждения корневых систем проростков и высыхания. Могут выживать лишь всходы, образовавшиеся из семян, расположенных в почве под слоем наилка. Как правило, они появляются вдоль трещин, покрывающих наилок, после его подсыхания. Наилки незначительной мощности, а особенно легкого механического состава не оказывают значительного отрицательного влияния на всходы. В поймах, в районах с поздним разливанием рек, где всходы появляются до затопления поймы полыми водами, последующее длительное пребывание их под водой ведет к гибели.