Непосредственной причиной болотообразовательного процесса в почвах, покрытых лесной растительностью, является изменение водно-воздушного режима в поверхностных горизонтах почвы, возникающее на определенной стадии подзолообразовательного процесса, в первую очередь в отрицательных элементах рельефа.
На водоразделах и надпойменных террасах под лесом зольные вещества из верхних слоев почвы (A1—А2) выносятся и накапливаются в более глубоких слоях (В). Вследствие этого на глинистых и суглинистых почвообразующих породах обособляется более тяжелый по механическому составу горизонт вмывания (В), ухудшающий водопроницаемость почвы. На более легких почвах под сосновыми лесами (песчаных и супесчаных) горизонт вмывания часто превращается в малопроницаемую для воды рудяковую прослойку благодаря скреплению его полуторными окислами и органическими соединениями, (выносимыми из верхних горизонтов.
Большое влияние на почвообразование оказывает лесная подстилка. Ее высокая влагоемкость способствует развитию анаэробных процессов. Распад органических остатков в условиях избыточного увлажнения сопровождается восстановительными процессами, которые распространяются на подстилающий минеральный грунт и приводят к образованию в нижних частях почвенного профиля глеевого горизонта с его характерной серовато-сизой или голубоватой окраской.
По мере развития заболачивания увеличивается мощность оглеенного горизонта, распространяющегося постепенно на все генетические горизонты подзолистой почвы.
В растительном покрове изменение экологических условий вызывает смену населяющих заболачивающуюся почву растительных группировок. Среди зеленых лесных мхов появляется кукушкин лен. Он способствует накоплению влаги и дальнейшему усилению заболачивания почвы. Отмирая, кукушкин лен образует грубый торфянистый материал, который, накапливаясь, в дальнейшем создает условия для поселения некоторых видов сфагновых мхов. Сфагновый мох является показателем сильного обеднения почвенного субстрата основаниями. Процесс заболачивания сопровождается прогрессивным нарастанием торфяного слоя — вначале низинного, затем переходного и, наконец, верхового типа.
Лесные насаждения угнетены вследствие ухудшения условий местообитания. Более требовательная ель уступает место сосне, березе и другим видам древесной растительности, меняется также видовой состав подлеска.
Так схематически происходит смена растительности и развитие болота в лесных местообитаниях, бедных зольными элементами пищи растений. На бедных почвообразующих породах, преимущественно легких по механическому составу, и при отсутствии притока зольных элементов со стороны может полностью выпадать стадия развития болота низинного типа. Могут развиваться сразу болота переходного и верхового типов.
На плакорно-водораздельных лесных площадях, где почвообразующая порода представлена моренными суглинками или глинами, иногда карбонатными, смена растительного покрова и болотообразование идут иным путем.
В связи с изменением в ходе почвообразования водного режима почвы и увеличения влаги происходит смена лесных биоценозов (растительных сообществ). Лес изреживается. Некоторые доминирующие породы выпадают. Развиваются травяные, более влаголюбивые лесные сообщества, начинается развитие дернового периода почвообразования. Усиленно накапливается гумус в верхнем горизонте почвообразующей породы (A1). Подзолистый тип почвообразования постепенно сменяется дерновым, а последний болотным. Соответственно изменяется и растительный покров — древесный, травяной и моховой.
Дерновый тип почвообразования на плакорно-водораздельных элементах рельефа может удерживаться очень долго в зависимости от условий водного и питательного режимов биоценозов, характера покровной породы, а также хозяйственной деятельности человека.
Изложенные выше закономерности развития процессов почвообразования в заболачивающихся лесных землях в плакорно-водораздельных условиях существенно нарушаются при различных депрессиях поверхности. Сочетание водного режима, почвообразующих пород, обеспеченность зольными веществами и условия жизнедеятельности биоценозов складываются иначе. В результате могут выпадать отдельные звенья почвообразовательного процесса, характерные для ровных ллакорных участков. Так полностью может выпадать дерново-подзолистый и дерновый типы. В зависимости от характера обводняемости понижения (натечного, грунтового), качества и количества минеральных солей в почвообразующей породе на месте депрессии начинают развиваться низинные (эвтрофные) болота. Они могут быть чисто травяными, кустарниково-травяными и лесными (ольховыми и березовыми).
Эвтрофное направление в почвообразовании в депрессиях продолжается до тех пор, пока нарастание толщи торфа не приведет к уменьшению обеспеченности произрастающей растительности зольными элементами. В дальнейшем идут мезотрофные и олиготрофные процессы почвообразования.
На заболачивание лесов в определенных условиях влияет и деятельность человека (искусственное запруживание рек и ручьев и подтопление окружающих их пространств). К таким же результатам нередко приводит уничтожение древесной растительности. По наблюдениям А. П. Малянова, в местах с благоприятными для заболачивания почвенно-гидрологическими условиями в первые же годы после вырубки леса ухудшаются физические свойства почвы, увеличивается плотность и уменьшается водопроницаемость. Резко уменьшается испарение влаги и, следовательно, больше накапливается ее в почве. Происходит перераспределение воды по площади вырубки и начинают заболачиваться пониженные места.
Как показали специальные исследования, заболачивание лесосек на суглинистых почвах при соответствующих гидрологических условиях идет лишь в первые 5—10—15 лет после вырубки леса. В дальнейшем, по мере развития молодняка различных древесных пород, оно ослабевает и даже полностью прекращается. Здесь сказывается влияние транспирации воды древесной растительностью.