Не вызывает сомнения, что микрофлора влияет на плодородие почвы.
В почвах с неблагоприятными свойствами (кислая реакция, тяжелый механический состав, низкое содержание гумуса, переувлажнение и т. д.) активность микрофлоры и интенсивность микробиологических процессов подавлены, что, конечно, отражается на ее плодородии. Агротехнические приемы, применяемые при возделывании культур, оказывают сильное влияние на микробиологические процессы, протекающие в почве. В связи с этим необходимо выяснить, какие процессы и при каких условиях способны улучшить питание растений и почвенное плодородие. Для ответа на эти вопросы необходимо проводить изучение почвенной микрофлоры. Установление причин, от которых зависит активность, численность и развитие полезных микроорганизмов, позволит на практике применять приемы, усиливающие позитивное воздействие микрофлоры на почвенное плодородие. Результаты классических исследований, проведенных в этом направлении Виноградским, Омел янским, Федоровым, Ваксманом и др., доказали возможность повышения эффективности воздействия на жизнедеятельность микрофлоры, связанной с плодородием почвы. Однако для этого необходимо знать все факторы, способствующие развитию таких микроорганизмов в почве, и, кроме того, иметь возможность изолировать и использовать микроорганизмы с высокой активностью. В этом случае появится возможность регулирования этих микробиологических процессов в почве. Решение этого вопроса связано с большими трудностями, поскольку условия в почве сильно различаются, одновременно действует много факторов, микроорганизмы бывают различны по составу и взаимоотношениям.
Для изменения состава микрофлоры и повышения численности полезных микроорганизмов используются бактериальные, органические и минеральные удобрения, ингибиторы, чередование культур, биологически активные вещества и т. д.