Для надежной диагностики часто бывает необходимо выделять возбудителя болезни.
Большинство фитопатогенных бактерий и грибов можно получить в чистой культуре на стерильном питательном субстрате. Потребность многих микроорганизмов в питательных веществах удовлетворяется за счет углеводов, азотистых соединений, а также неорганических солей. К питательной среде добавляют агар, получаемый из клеточных стенок многих видов азиатских морских водорослей. С химической точки зрения он представляет собой серный эфир полисахаридов. Вещество набухает в холодной воде, но только при температуре кипения образует однородную студенистую массу. При добавлении к питательной среде 1,5—3% агара получают среду, плавящуюся при температуре кипения и снова застывающую при 40—50 °С.
При выделении и культивировании фитопатогенных бактерий в основном используют твердые питательные среды. Оптимальное размножение бактерий происходит в слабощелочной среде, в то время как грибы предпочитают кислые субстраты. Обычно нужную реакцию устанавливают с помощью индикаторной бумаги (для бактерий pH 7,0—7,5, для грибов pH 5,5—6,5), добавляя в теплую среду несколько капель нормального раствора NaOH или НСl. Следует иметь в виду, что при каждой стерилизации значение pH снижается на 0,1—0,2 единицы.
Готовые питательные среды разливают в колбы или пробирки (косой агар) и хранят в беспыльных, прохладных и не очень влажных местах.
Обычно фитопатогенные бактерии хорошо растут на бульонном агаре, но можно использовать и картофельно-декстрозный агар, употребляемый для культуры грибов. При отсутствии в продаже готового препарата питательный бульон можно приготовить.
Питательный бульон. Около 500 г говядины или конины, очищенной от жил и жира, мелко изрезать, добавить 10 г пептона, предварительно растертого в небольшом количестве холодной воды, 5 г поваренной соли и варить 2—3 ч. После охлаждения субстрат профильтровать через марлю, затем через складчатый фильтр и проверить pH.
Отвар мясного экстракта. При наличии мясного экстракта Либиха отвар готовят следующим образом: 3 г экстракта Либиха и 5 г пептона растворить в 1 л воды (пептон предварительно растереть в небольшом количестве холодной воды). После получасовой варки профильтровать, как указано выше (американская стандартная среда).
Отвар мясного экстракта, а также питательный мясной бульон в качестве универсальных сред пригодны для большинства бактерий. Если необходимо решить какую-то специальную проблему или культивировать возбудителей с совершенно определенными требованиями к питанию, используют так называемые селективные среды, которые здесь подробно описать не представляется возможным.