Анатомия растений, как и многие другие научные дисциплины, будучи самостоятельной отраслью знания, вместе с тем может предоставлять свои методы для решения вопросов, выдвигаемых смежными дисциплинами.
Наиболее осязательно значение анатомии растений выявляется в разработке вопросов систематики, филогении и селекции, а также при разрешении некоторых проблем, стоящих перед физиологией растений и требующих применения анатомических методов.
Систематика растений и ее методы являются по существу основой дифференциации и различения того громадного разнообразия форм, которое имеется в растительном мире. В задачу систематики входит также установление связи культурных форм между собой, выяснение генезиса той или другой формы, центров происхождения их. Наряду с основным методом, базирующимся на внешней морфологии, в систематике употребляется и ряд других методов, среди которых не последнее место занимает изучение внутренней морфологии — анатомия.
В растениеводстве при выведении и культивировании форм, имеющих ту или другую ценность, приходится в первую очередь считаться с наследственными качествами растений и окружающей их средой.
Характер взаимоотношений между растением и средой устанавливает по преимуществу физиология; законы наследственности, весь механизм, весь процесс передачи свойств одного растения другому изучает генетика; создание новых форм растений составляет задачу селекции.
Все эти дисциплины нуждаются в точных знаниях о закономерностях развития структуры растения, а, следовательно, в применении анатомических методов.