К настоящему времени нет ни одного достаточно полного описания фенофонда какого-либо вида живых организмов, т. е. такого описания, которое включало бы несколько тысяч фенов, относящихся ко всем без исключения системам органов, а также ко всем типам признаков (морфологических, физиологических, биохимических, а для животных и этологических) и отражавших если и не все множество генотипов, то хотя бы большую его часть. Приводимые примеры относятся, по-видимому, к наиболее полным исследованиям фенофондов.
При изучении краниологических признаков лесной мыши Apodemus sylvaticus О. Г. Герасименко было выделено 87 фенов строения жевательной поверхности коренных зубов, 89 фенов формы лобноносового и других швов и внутришовных косточек, 1130 фенов отверстий для кровеносных сосудов и нервов. Таким образом, в фенофонде этого вида было выделено 1306 дискретных вариаций.
Другой пример касается изучения фенофонда прыткой ящерицы Lacerta agilis. Материал для этого был собран в 148 точках ареала и включал анализ неметрических вариаций различных органов более чем у 73,5 тыс. особей. Среди изученных признаков были цвет покровов (5 вариаций), особенности рисунка на спинной поверхности тела (17 вариаций) и ушном районе головы (3 вариации), но большинство признаков касалось особенностей фолидоза. Среди последних были изучены неметрические вариации числа, присутствия, взаиморасположения, относительной величины и формы отдельных чешуй и их групп, особенности частичного расщепления ряда чешуй в пяти регионах покрова. Общее число учитываемых дискретных вариаций оказалось возможным довести до 455.
По степени изученности дискретных вариаций зубная система человека является, пожалуй, наиболее изученной. Сейчас в популяционных одонтологических исследованиях учитывается в общей сложности более 490 вариаций формы, бугорчатости, строения корней, положения и развития зубов. Для некоторых из таких вариаций известно, что они маркируют определенные аллели, большинство этих признаков давно и успешно используется в расовой и этнической диагностике.