Лишь в немнотих случаях фитонематоды вызывают на растениях-хозяевах четко определяемые симптомы.
Поэтому диагностика нематод должна строиться на учете симптомов повреждения в сочетании с непосредственным определением возбудителя. Основными предпосылками точной диагностики и количественного учета нематод служат, помимо методов определения, правильные отбор проб и их транспортировка и — при необходимости — соответствующее хранение. Дополнительно к общим указаниям по отбору проб, здесь нужно отметить лишь некоторые особенности при выявлении нематод.
Исследованию подвергаются части побегов (Ditylenchus spp.), листья и почки (Aphelenchoides spp.), части корневой системы (Heterodera spp., Globodera spp., Pratylenchus spp.) и ризосфера поврежденных растений (Paratylenchus spp., Trichodorus spp., Longidorus spp., Xiphinema spp., Heterodera spp.).
При отделении частей растений нужно захватывать внешне здоровые, живые ткани, расположенные рядом с поврежденными, так как нематоды покидают отмирающие участки и заселяют новые (Aphelenchoides spp.). Если поражение носит очаговый характер, пробы отбирают в центре участка, по краям или в переходной зоне и среди внешне еще здоровых растений, поскольку численность популяций некоторых нематод (Pratylenchus spp., Xiphinema spp.) очень высока, особенно по краям очага поражения. Для немногих видов (Longidorus spp., Trichodorus spp.) следует учитывать и глубину их размещения в почве, так как наибольшей плотности популяции достигают на глубине более 20 см.
После взятия проб нужно тщательно избегать сильного их высушивапия, даже если некоторые виды нематод (Ditylenchus spp., Aphelenchoides spp.) можно определять на сухом растительном материале. Большинство почвообитающих нематод реагирует на быструю потерто влаги повышенной смертностью. С последним связано и то, что при взятии проб для выявления фитонематод, свободно живущих в почве, удаляют верхний слой почвы толщиной до 2 см.
Исключительная чувствительность свободно живущих в почве нематод к механическим повреждениям заставляет проводить отбор проб очень тщательно, избегая движений, растирающих и разрушающих частицы почвы (твердые емкости для транспортировки!). Оправдало себя взятие почвенных проб блоками с последующей обработкой в лаборатории при осторожном разделении блока на образцы. У некоторых видов нематод (Longidorus spp., Xiphinema spp.) уже транспортировка с места взятия проб до лаборатории может привести к гибели части популяции из-за встряхиваний. В то же время для систематического исследования полей на зараженность цистообразующими нематодами разработаны различные приборы для отбора почвенных проб, так как цисты могут выдерживать большие механические нагрузки.
Если количество поступившего пораженного материала превышает пропускную способность лаборатории, то пробы растений можно в течение нескольких дней, а почвенные пробы — до нескольких недель хранить в холодильнике при 5—10 °С, предотвращая их высушивание. Чтобы сохранить растительный материал (корневые галлы) на длительное время, проводят фиксацию в 10%-ном растворе формалина; при 8—10-дневной фиксации продолжительное сохранение обеспечивает и 3%-ный формалин.