Сейшельские острова расположены на обширном мелководном подводном плато — Сейшельской банке.
Большая часть островов коренные, сложенные магматическими докембрийскими породами, остальные — аккумулятивные коралловые острова, сложенные обломочным материалом голоценового возраста. Для склонов высоких островов характерны обнажения коренных пород, представленных в основном гранитами и долеритами. Повсеместно развиты красноцветные коры выветривания, которые, вследствие большой крутизны склонов, характеризуются сокращенным профилем и сравнительно небольшой мощностью. Склоны островов густо расчленены эрозионной сетью. Речные долины выработаны слабо, продольный профиль характеризуется ступенчатостью.
Низкие острова по рельефу — аккумулятивные формы, состоящие из нескольких причлененных друг к другу штормовых валов, сложенных в основном песчаным материалом. Сами уровенные рифы, на которых образуются эти острова, разнообразны по своей морфологии: типичные атоллы; более мелкие кольцевые рифы, похожие на фаро Мальдивских островов; столовые рифы без выделенной центральной части лагуны. Высота этих островов над уровнем прилива не превышает 2-3 м. Риф-флеты обычно осыхают в отлив (амплитуда приливов на Сейшелах от 1,8 до 3 м).
Климат Сейшельских островов морской экваториальный. Годовая сумма осадков около 2500 мм, в горах достигает 5000 мм. В течение года температура меняется мало, среднегодовая составляет +26,6°, максимальная — +31°. минимальная — +20°. Среднесуточная амплитуда 3,2°.
Флора Сейшельских островов насчитывает около 480 видов растений, что крайне мало для экваториальной зоны. Из них местных всего 230 видов, причем 90 видов эндемичны. Животный мир островов относительно беден. Полностью отсутствуют млекопитающие, за исключением видов, завезенных человеком. Многочисленны ящерицы, встречаются неядовитые змеи. Частично уничтожена уникальная орнитофауна, насчитывающая сейчас всего 14 эндемичных видов, около 30 местных и ввезенных и приблизительно 50 перелетных. Очень богата морская фауна прилежащих к островам вод, что в первую очередь связано с широким развитием коралловых рифов. Фауна кораллов представлена более чем 50 родами, разнообразна фауна рыб, иглокожих, ракообразных и моллюсков.