Представление о целостности объекта не дается исследователю изначально. Во всяком случае так обычно происходит, если исследователь в методологии ориентируется на традиционную для западной философии аналитическую парадигму.
Альтернатива этому подходу, по-видимому, возможна, однако холистические воззрения, уходящие корнями в гносеологические построения древневосточной философии, хотя и вызывают стойкий интерес «западных» ученых, особого влияния на методологию науки не оказали. Несмотря на это, мы не осмелимся с категоричностью Киплинга утверждать, что Западу и Востоку «не сойтись никогда», а сошлемся на авторитет В. И. Вернадского, заметившего, что в древневосточных философско-религиозных системах были заложены широкие возможности развития многих идей, но как раз именно эти построения в наименьшей степени отразились на созданиях современной науки человечества.
Итак, если представление о целостности объекта изначально у исследователя отсутствует, изучение может вестись несистемными методами, и его результаты до определенного уровня удовлетворяют и теорию, и практику. Однако интеграция знаний в общую теорию не произойдет до осознания необходимости введения представлений о целостности объекта и наложения на него системных свойств, часто вначале воспринимаемых интуитивно.
Подводные геосистемы, или подводные ландшафты, представляют собой природные системы, возникающие в зоне взаимодействия рельефа и минерального субстрата, существующие на базе определенной геологической истории, гидроклиматических факторов и биоты. Целостность, структурно-функциональная упорядоченность этих систем обусловлена устойчивыми вещественно-энергетическими и информационными потоками, связывающими их элементы. Основанная на концепции геосистемы В. Б. Сочавы, эта позиция обнаруживает генетические связи с идеями В. В. Докучаева о природном комплексе. В. Н. Сукачева о биогеоценозе и близка системным представлениям современной экологии, отличаясь от последних направленностью выделяемых связей.
Известно, что строгую количественную оценку процессов, происходящих в природных системах, часто затрудняет отсутствие четких пространственных границ. В терминах общей теории систем геосистема может быть представлена как открытая система, стремящаяся к стационарному равновесию согласно законам термодинамики, что дает возможность при количественной оценке потоков энергии и вещества задавать определенные пространственные границы, контролируя вход в систему и выход из нее. Эта логическая операция, по сути, лишь выявляет степень открытости выделяемых систем, и, следовательно, границы геосистемы в каждом конкретном случае могут определяться задачами исследования.