Процесс взятия пробы проходит следующим образом. Сперва отмечают площадь пробы, забивая по углам отмеренного квадрата колышки, натягивая между ними бечевку.
Затем от границ площадки отгребают в разные стороны опад или подстилку (если пробу берут в лесу) или сухую сыпучую землю поверхностного слоя (на парах). Рядом с пробой с одной или с двух сторон раскладывают кженку, лист пластика, мешковину или другую плотную материю, на которую потом и помещают выбираемую из пробы почву. Сперва с площади пробы на клеенку руками снимают опад и другие растительные остатки, которые тщательно вручную перебирают, учитывая и собирая всех найденных при этом животных, а траву выщипывают, что облегчает дальнейшую разборку почвы из верхнего слоя почвы. Встреченных на поверхности почвы беспозвоночных фиксируют и записывают отдельно от встреченных собственно в почве. Затем (после удаления разобранных растительных остатков) приступают к выкапыванию почвы с площади пробы лопатой. Выбрасываемые на разложенную рядом с пробой клеенку (или другую подстилку) небольшие порции земли тщательно перебирают руками, причем более крупные комья приходится разбивать, а сплетения корешков и дерновину — разрывать. Всю землю из разбираемого слоя порцию за порцией перетирают на весу между ладонями, тщательно следя за всей ссыпающейся на клеенку землей, собирая падающих и легко при этом обнаруживаемых животных. Можно, как рекомендовал З. С. Головянко (1936), рассеивать над клеенкой горсти почвы, свободно лежащей на обращенной кверху ладони, или, распределив почву по поверхности клеенки тонким слоем, разгребать ее пинцетом (Schaerffenberg, 1939).
Животных собирают отдельно из каждой пробы и слоя. Беспозвоночные, нуждающиеся в специальной сложной фиксации (дождевые черви, моллюски) или необходимые для прижизненных наблюдений, помещаются в матерчатые мешочки или баночки с небольшим количеством взятой из пробы почвы. Хищники должны быть размещены поодиночке. Мелкие насекомые, многоножки, мокрицы для фиксации помещаются в пробирки с спиртом с добавкой нескольких капель глицерина и формалина, крупные насекомые — в морилки или сосуды со спиртом. Всех найденных при раскопках животных (в том числе и раздавленных, непригодных для фиксации, или упущенных) тут же в полевых условиях записывают в дневник с той точностью определения, которая доступна руководителю работы, «ли под условными наименованиями. В дневнике дается подробная характеристика участка и места взятия пробы. В мешочки с червями, в баночки и пробирки кладут временную этикетку с номером пробы (и слоя). Если раскопки проводят послойно (что предпочтительнее), в этикетках числителем обозначают номер пробы, знаменателем — номер слоя, с соответствующей записью в дневнике. Фиксацию живых объектов и консервацию собранного материала проводят в конце рабочего дня в камеральных условиях, о чем сказано ниже.
Для учета крупных почвенных беспозвоночных наиболее благоприятна такая влажность почвы, при которой горсть почвы, зажатая в кулак, образует ком, сохраняющий свою форму при разжатии руки, но легко рассыпающийся от легкого удара, а почва не пристает к руке. При такой влажности поверхностного слоя почвы беспозвоночные держатся у поверхности, а почва при разборке легко перебирается и просеивается.
При полевых исследованиях почвенных беспозвоночных важно знать не только их численность, но, и распределение в почве по глубина. Это бывает важно для сопоставления этих данных с распределением корневых систем и расположением генетических горизонтов почвы, для выявления тех глубин, на которых держатся те или иные виды и т. д. Поэтому в разные сезоны вегетационного периода целесообразно проводить послойные раскопки, позволяющие выявить глубину нахождения основных представителей почвенной фауны. Удобнее всего при взятии проб анализировать почву по слоям, глубиной 10 см каждый. После взятия пробы на глубину до прекращения встречаемости беспозвоночных следует провести замеры генетических горизонтов почвы и сделать краткое описание разреза; если попутно не берут проб на влажность — глазомерно определить влажность каждого слоя почвы. При этом следует иметь в виду, что иногда после перерыва в 10—20 см снова встречаются почвенные обитатели. Глубже других уходят обычно дождевые черви и геофилиды. Остальные пробы достаточно брать на 10 см глубже встречаемости, выявленной при взятии первой пробы. Пробы площадью 0,25 м2 лучше всего брать вчетвером. Один выкапывает землю, двое ее перебирают, один собирает и записывает встреченных животных. Во многих случаях удобным оказывается метод взятия проб для учета крупных беспозвоночных с помощью крупных буров.
Так, в Белоруссии почвенные экологи, работавшие на торфянистых и легких супесчаных почвах без крупных корней и камней, брали пробы стальным цилиндрическим буром диаметром 16 см (площадью 0,02 м2). Высота цилиндра — 25 см. Пробы, взятые таким буром (на всю глубину или послойно), можно разбирать в полевых условиях, но можно помещать их и в полиэтиленовые мешки, доставлять в помещение и. там исследовать в более удобной обстановке (Кипенварлиц, 1961). Этот метод взятия проб применим далеко не на всех почвах — при работе в лесу, на щебнистых и на сильно уплотненных почвах пользоваться буром бывает невозможно.
Для повышения точности размера пробы (в сравнении с рытьем почвы лопатой) рекомендовано взятие проб с помощью забиваемых в почву рамок или пластинок (Morris, 1922; Zicsi, 1962) однако, как справедливо отмечает Зичи, этот способ пригоден только при взятии проб до глубины 20 см.
Для облегчения работы по анализу почвенных проб и повышения точности результатов за счет нивелировки индивидуальных особенностей лиц, берущих пробы, был предложен ряд методов извлечения из проб почвенных животных, отличных от описанной.