С точки зрения генезиса водной массы озёра бывают двух типов.
Одни из них никогда не были частью Мирового океана, т. е. вода их — наземного происхождения и, следовательно, в своём первоисточнике вода атмосферных осадков. Другие озёра когда-то были частью Мирового океана; такие озёра называют реликтовыми, или остаточными; их водная масса иногда носит явственные следы того, что она составляла с океаном единое целое (у молодых реликтовых озёр), но во многих случаях она настолько преобразовалась, что морское происхождение озера надо восстанавливать по косвенным признакам, тем более что подчас вся первичная «морская» вода за долгую жизнь озера успевает быть полностью вытесненной и замещённой водами суши (например, в сточных озёрах).
Типичный пример реликтового озера — Каспийское море. В хвалынский век (предшествовавший геологической современности) оно соединялось с Азовским морем проливом, который находился на месте нынешней долины Маныча; по некоторым данным, соединение Каспия с Азовским морем прекратилось лишь около 4 тыс. лет назад. Озёра Ладожское, Онежское, Ильмень, Сайма, Меларен, Венерн, Веттерн, Ельмарен и др. тоже реликтовые: после отступания великого скандинавского ледника они входили в состав так называемого Иольдиевого моря, которое занимало современное Балтийское море и значительную часть Скандинавии и Финляндии, соединяясь с Северным и Белым морями. И в Каспийском, и в Ладожском озёрах до сих пор водятся тюлени — доказательство того, что озёра эти когда-то находились в связи с морями. К числу реликтовых озёр относятся также Могильное (на о. Кильдин), до сих пор сохраняющее с морем подземную связь, Сакское (близ Евпатории) и ряд других.