Среди простейших все окрашенные жгутиковые относятся к автотрофным организмам, и их питание рассматривается здесь.
Однако среди жгутиковых в планктоне встречаются бесцветные формы, например Bodo, Monas, Chilomonas, Pleuromonas и др., у которых питание гетеротрофное. Они могут либо поглощать пищу, состоящую главным образом из РОВ, осмотическим путем через стенки тела – сапрозойное питание, по терминологии Догеля, либо захватывая сестон – голозойное или анимальное питание, по терминологии Догеля.
Для захвата твердой пищи жгутиковые используют орган движения – жгутик, который создает водоворот, подгоняющий частицы пищи к переднему концу тела. Здесь у одних имеется лишенный пелликулы участок или воспринимающий бугорок, к которому пищевые частицы пристают, а затем поступают в пищеварительную вакуоль и перевариваются; у других (Chilomonas) пищевые частицы поступают в ротовую впадину, находящуюся у основания жгутика, а оттуда вносятся в глотку, стенки которой усажены мелкими трихоцистами.
У саркодовых, среди которых к свободно плавающим относятся радиолярии, некоторые корненожки из раковинных амеб, фораминиферы и солнечники, твердая пища захватывается разного рода псевдоподиями. К живущим в планктоне раковинным амебам относятся обладающие лопастными псевдоподиями Difflugia limnetica и D. hydrostatica и с нитевидными псевдоподиями Cyphoderia ampulla. Они захватывают твердые пищевые частицы при соприкосновении с ними или на некотором расстоянии, обтекая их со всех сторон или втягивая внутрь своего тела, где в пищеварительной вакуоли происходит переваривание пищи. Голые амебы, легко меняющие форму тела, питаются посредством обтекания или охвата пищи протоплазмой. Друп описал новый род и вид голых амеб – Heteroamoeba clara, сочетающую признаки амебы и жгутиконосца, обитающую в соленых лужах на скалистой супралиторали, способную питаться водорослями, преимущественно вольвоксовыми.
У фораминифер при наличии скелета с мелкими отверстиями, препятствующими заглатыванию добычи целиком, многочисленные длинные тонкие ризоподии, выходящие через устье раковины и через поры, образуют вокруг раковины тончайшую сетку. Различные взвешенные в воде частицы прилипают к ризоподиям и через устье втягиваются внутрь раковины, где и перевариваются. Если же частица крупная, то вокруг нее скапливается цитоплазма и переваривание происходит вне раковины.
Радиолярии питаются гетеротрофно. Взмахами своих длинных тонких упругих псевдоподий они создают микротоки воды, что, по-видимому, способствует притоку пищевых частиц. Брандт в лабораторных условиях наблюдал, как к поверхности колоний радиолярий Collodaria «приклеиваются» диатомовые, перидинеи, личинки рачков и т. п. Возможно, что добыча парализуется каким-то веществом, выделяемым псевдоподиями. Предполагается, что у колониальных Polycystina псевдоподии проникают внутрь приклеенных пищевых частиц, и содержимое их высасывается. При захвате пищи соседние псевдоподии склеиваются и несколько втягиваются. Пищевые вакуоли с упомянутыми частицами в цитоплазме этих радиолярий не наблюдались. Поглощение добычи, вероятно, возможно у одиночных радиолярий Polycystina и у Phaeodaria. Так, скелеты диатомей и мелких радиолярий встречаются в экстракапсулярной цитоплазме некоторых крупных Collodaria и в феодиуме Phaeodaria.