На поверхности растений всегда находятся многочисленные эпифитные микроорганизмы, в составе которых, помимо безразличных сапрофитов, встречаются и представители фитопатогеиных бактерий.
При определенных условиях эти бактерии проникают в ткани растения-хозяина, развиваются там и производят заражение и последующее заболевание растения.
Заболевание в сущности начинается с того момента, когда бактерии начинают получать пищу от растения-хозяина, т. е. когда они развиваются в нем в качестве паразита.
Все фитопатогенные бактерии неспособны проникнуть внутрь растений через неповрежденные наружные покровы. Их проникновение происходит через природные отверстия, имеющиеся в растительных тканях, так называемые естественные ворота инфекции, и через случайные или искусственные поранения растений, так называемые искусственные ворота инфекции.
Естественными отверстиями, с помощью которых внутренние ткани растений сообщаются с внешним миром и через которые проникают бактерии, являются устьица, водяные поры, чечевички в коре, нектарники, глазки в клубнях картофеля. Через устьица происходит заражение большинством бактерий, вызывающих пятнистость листьев (возбудитель гоммоза хлопчатника — Xanthomonas malvacearum Dowson, возбудитель черной пятнистости томатов — Xanth. vesicatoria Dowson и др.). Через водяные поры (гидатоды) в растения попадает возбудитель сосудистого бактериоза капусты — Xanth. campestris Dowson. Через чечевички в коре проникает возбудитель пятнистости косточковых — Xanth. pruni Dowson; бактериоза абрикосов — Pseudomonas cerasi Griff. Через нектарники проникает возбудитель ожога плодовых деревьев — Erwinia amylovorum Serbin. и через глазки в клубнях картофеля — возбудитель мокрой гнили Pectobacterium carotovorum Dowson. Через естественные ворота инфекции почти всегда проникают паразитически активные и узкоспециализированные бактерии, как, например, названный возбудитель гоммоза хлопчатника — Xanthomonas malvacearum Dowson, возбудитель бактериоза фасоли — Xanth. phaseoli Dowson, возбудитель бактериоза шелковицы — Pseudomonas mori Stevens, и др.
Второй путь проникновения бактерий в ткани осуществляется при помощи всевозможных поранений растительных тканей, например, раны, градобоины, повреждения грызунами, насекомыми, скотом, человеком при прививке, черенковании, пасынковании, уборке урожая и т. д. Во всех случаях ранки служат искусственными воротами инфекции для многих фитопатогенных бактерий. Так, возбудитель бактериальной пятнистости табака — Pseudomonas tabaci Stapp. распространяется при пасынковании и вершковании махорки, проникая через повреждения, наносимые во время производства этих операций. Возбудитель черной ножки картофеля — Pectobacterium phytophthorum Dowson из почвы в корневую систему проникает при повреждении корня растения нематодами, проволочными червями и другими насекомыми. Для проникновения бактерий в растение необязательно наличие крупных, видимых ранок, достаточно незаметных, микроскопических ранок, которые имеют даже большее значение. Известно, что картофель и другие овощи при хранении бывают особенно подвержены мокрой бактериальной гнили — Pseudomonas xanthochlora Stapp. в том случае, если клубням были нанесены повреждения во время уборки и послеуборочной обработки. Ранки, дающие начало бактериозам, могут быть весьма разнообразного происхождения, Например, возбудитель некроза цитрусовых — Pseudomonas citriputeale Stapp. проникает в растения через повреждения иглами (колючками), наносимыми ветвями во время ветра.