Для выяснения географических и экологических закономерностей в распределении водорослей на поверхности и внутри различных почв необходимо выработать правильные методические подходы.
Нередко исследователи ограничиваются одним сопоставлением видовых списков водорослей, обнаруженных в разных почвах, и строят выводы о своеобразии группировок на сходстве или различии только состава водорослей.
Такой подход часто приводит к неправильным выводам, поскольку при однообразии общих списков видов степень развития, а следовательно экологическая роль отдельных видов, может быть резко различной. Надо изучать не флору водорослей, а водорослевую растительность. Почвенная микробиология получила наиболее ценные выводы о почвенной микрофлоре методами, основанными на учении С. Н. Виноградского о микробных сообществах, исследуя целые микробные ценозы, а не отдельные группы микроорганизмов. Аристовская (1965) особо подчеркивает необходимость не только наблюдать, но и анализировать микробные пейзажи, выявляя биологические связи между их членами.